本论文通过无痕基因删除操作获得基因组简化的枯草芽孢杆菌，以此作为平台菌株，考察其核黄素的合成能力的变化。枯草芽孢杆菌野生株Bacillus subtilis168中引入突变的ribC基因，得到可以合成少量核黄素的B.subtilis168RibC+菌株，删除突变菌株的upp基因得到B.subtilis168RibC+Δupp菌株，以此为出发菌株进行基因组简化的研究。根据已有文献的报道，确定备选敲除区域。本文共删除了包括类似原噬菌体的区域skin及prophage3、负责编码合成聚酮类次生代谢产物的pks操纵子、原噬菌体SPβ在内的的四个区域，最终得到了基因组简化223.199Kb的BSZ10菌株，敲除的片段大小约占整个基因组大小的5.3%。研究采用基于upp基因作为负筛选标记的方法进行敲除。以实验室前期构建的pCU质粒作为基础操作质粒，通过插入待敲除区域的上下游同源臂构建敲除质粒，通过Spizizen转化将敲除质粒导入宿主菌感受态细胞中。通过两次单交换得到目的敲除菌株或恢复型菌株。两次单交换分别是：第一次是敲除质粒与宿主染色体同源区之间的单交换，敲除质粒整合到宿主菌染色体上形成整合子；第二次是整合子分子内同源区之间的同源重组。得到的菌株通过在5-FU基本盐培养基平板和氯霉素LB平板上点板验证，得到的5-FU抗性菌株且氯霉素敏感菌株即正确的敲除菌株。还可进一步通过菌落PCR验证目的片段的敲除。将得到的简化程度不同的菌株进行摇瓶发酵，考察核黄素的合成能力以及菌株的生长情况。共选取了四株基因组简化菌株进行发酵，分别是BSZ5菌株（敲除Pks区的菌株，基因组减小了74.837Kb）、BSZ7菌株（Skin区和Pks区共敲除的菌株，敲除片段大小为121.399Kb）、BSZ8菌株（敲除了Skin区、Pks区和Pro3区，基因组减小了132.199Kb）和BSZ10菌株（敲除了Skin区、Pks区和Pro3区以及部分SPβ区，基因组减小了223.199Kb）。通过实验发现与出发菌株相比基因组简化程度各不相同的菌株生长速率变化不大，最大OD高于出发菌株，葡萄糖的消耗速率有所提高，核黄素的合成能力并未受到影响。