牡丹（Paeoniasuffruticosa）是我国十大传统名花之一，历来是富贵、吉祥的象征。经过人们长达2000年的栽培、选育，目前，牡丹的品种资源已达到千余种。如此丰富的品种资源给资源保存及新品种选育工作提供了雄厚的物质基础，但同时也带来了巨大的工作量。核心种质的建立则很好的解决了这个问题。　　 自Frankel提出核心种质概念以来，核心神质作为一种研究种质资源的有效方法越来越多的得到应用。目前全世界已在不同程度上建立了大田作物、园艺、牧草等作物及部分观赏植物的核心种质。　　 牡丹作为中国传统十大名花之首，构建其核心种质非常有价值。菏泽地区牡丹核心种质的构建，不仅有利于菏泽市、山东省优良品种的保存，更为牡丹新品种的研究人员选择优良品种进行杂交提供了一条捷径。　　 本研究以菏泽地区牡丹340个品种为研究对象，采用表型性状分析法和分子标记法两种方法，构建了核心种质。表型性状分析法主要利用了实地调查所得的每个牡丹品种的20个性状，在5个指标上比较了20种取样策略的优劣，找出了最佳取样策略。分子标记法则主要利用了RAPD技术进行聚类分析，利用4个检验指数对5个总体取样比例进行比较，从中选取最佳核心种质。　　 主要结论如下:　　 1.据表型数据构建菏泽地区牡丹核心种质的最佳构建方法为:按花型分组，组内用多样性指数法，类平均聚类取样，总体取样比例为15％。　　 2.适用于牡丹的RAPD扩增的最佳反应体系为20uL反应体系中，Mg2+浓度为2mmol/L，DNTP浓度为0.15mmol/L，引物浓度为0.2mol/L，TaqDNA聚合酶1.5U，DNA为20-30ng。扩增程序为:94℃预变性4min，94℃变性30s，38℃退火40s，72℃延伸1min，45个循环后，72℃延伸5min，12℃保存。　　 3.10个S序列随机引物共扩增出181条带，其中163条为多态性条带。使用的10个随机引物能将初级核心种质的102个品种区分开。　　 4.菏泽地区牡丹核心种质的最佳构建方法为:按花型分组，组内用多样性指数法，类平均聚类取样，总体取样比例为30％，构成初级核心种质。对初级核心种质采用分子标记法进行分析，最佳取样比例为初级核心种质的50％，即全部资源的15％。并用最佳构建方法构建了菏泽地区牡丹核心种质，共63个品种。