大凉疣螈(Tylototriton taliangensis)隶属于有尾目(Caudata)蝾螈科(Salamandridae),疣螈属(Tylototriton),为我国特有种,仅分布于四川省西南部的大凉山地区。该物种分布区域狭窄,是中国的二级保护物种,但我们对其种内谱系地理及演化历史等知之甚少,而这些信息对于制定适当的保护措施至关重要。为此,本研究收集了7个种群,共计118个样品,使用三条线粒体DNA(mtDNA)片段作为分子标记,以对大凉疣螈的种群遗传多样性、种群结构及演化历史进行研究。主要研究结果如下:实验扩增出长度共2,820 bp的大凉疣螈mtDNA基因片段,其中,ND1-ND2片段长990 bp;COI片段长508 bp;D-LOOP-12SRNA片段长1,322 bp。序列片段共有119个变异位点,定义了32个单倍型。对7个地理种群进行遗传多样性分析,其核苷酸多样性(Pi)为0.0113,单倍型多样性(Hd)为0.89。基于单倍型序列使用贝叶斯推断法和最大似然法分别构建系统发育树,除少数支持率低的节点外,二者的拓扑结构大致相同。32个单倍型可被划分为5个支系,并且发现广泛的同一地理种群单倍型聚在不同支系,我们推测可能的原因是大凉疣螈各种群先发生地理隔离,之后又发生了隔离种群之间的二次基因交流。分子变异分析(AMOVA)的结果表明7个大凉疣螈种群可被划分为5个地理支系,线粒体遗传变异主要存在于地理支系间(76.09%),而种群间的差异较小(28.30%),大凉疣螈种群具有较强的地理结构。分子钟计算结果表明各支系的分歧发生在2.57 Mya至1.39 Mya的更新世早期,青藏高原隆起造成大凉山地区地形破碎化以及更新世冰期回旋可能是造成大凉疣螈种群分化的主要原因。中性检验和错配分析显示,大凉疣螈各种群在历史上未发生快速扩张,有效种群长期保持稳定,但通过Bayesian skyline plot方法计算各种群历史动态,EB种群和MG种群在近期有效种群有降低,可能与当地村民活动有关。调查发现大凉疣螈受人为捕捉、栖息地破坏等影响,部分种群数量有下降趋势。为更好的保护大凉疣螈种群及其遗传多样性,需要对其进行更细致的采样研究,加强保护宣传及市场监管,并在未来的保护区规划中,依据大凉疣螈种群结构特征对大凉山地区统一考虑,保护其栖息地生态环境。