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霞草为石竹科石头花属的多年生草本植物，分布广泛，药食两用。本研究利用ISSR-PCR分子标记技术对分布于大连市的5个县市区的11个霞草种群，共281个个体进行了遗传多样性分析。用筛选出的10个引物共扩增出121条DNA片段，平均每个引物扩增出12.1条DNA片段，扩增长度在400-2200bp之间。然后利用POPGENE32软件对整理后的数据进行霞草遗传多样性水平、遗传分化、遗传结构的分析。同时结合霞草生物学特性、繁殖对策、地理隔离等因素，根据霞草的遗传多样性数据分别进行UPGMA聚类分析、PCoA分析及Mantel检验。实验结果如下： （1）实验共检测到121个位点，其中多态位点107个，PPB为88.43％。11个霞草种群的Shannon信息指数（I）和种源Nei指数（h）的平均值分别为0.4214和0.2763。结果说明天然霞草种群遗传多样性处于较高水平，其中大陆种群对应的遗传多样性指数大多高于海岛种群。 （2）根据11个霞草种群间的遗传距离，采用UPGMA法对其进行聚类分析，确定了霞草种群的遗传结构，并与主坐标分析结果进行了比较。结果表明，霞草种群主要分为三大集群：XHS种群单独聚为一类；大陆地区的HGS、LMS、RHS、XRD种群聚为一类；海岛中GLD、DCSD、ZZD、HYD4个种群与两个沿海陆地种群（CST、ZMS种群）聚为一类。发现霞草种群的遗传关系明显呈地域性分布。 （3）通过 Mantel检验（r=0.534,P=0.002），发现霞草的遗传距离与地理距离呈现中等程度的显著正相关关系。说明霞草种群间距离的远近对种群的遗传结构有一定的影响，距离隔离对遗传分化有一定的促进作用。 （4）依据 Gst值，大连地区霞草遗传变异主要发生在种群内。14.45%的遗传变异发生在种群间。基因流为2.9604。研究表明，距离隔离和基因流可能是影响霞草遗传分化的主要因素。 本研究采用 ISSR分子标记技术首次对大陆与海岛的天然霞草的遗传多样性进行比较与分析。旨在研究霞草在海岛与大陆不同生境中的遗传结构、遗传多样性、遗传分化的特点。研究结果将为探讨隔离生境中天然植物种群遗传进化规律提供证据，并为生存在片段化生境中的植物制定保护策略提供依据。