目前研究多将洪武朝明·日关系史的核心定位为倭寇问题，进而以禁倭为中心解读洪武朝明·日交涉史。但如若结合中·日史料，并将洪武朝对日诏书置于同时期与诸国诏书对比中，即可发现以下问题：第一、朱元璋最初对日遣使的核心目的应是要日本称臣，以满足其政权正统性、合法性的外部彰显、验证需求。禁倭要求只是次要目的。第二、朱元璋将怀良亲王认定为日本国王之原因很可能并不是目前所推测的为令南朝禁倭而赋予其日本国王名号。朱元璋在南朝来使前即应该已知南朝非日本国王，这一有意指认，应该是朱元璋在短期内无法联系到北朝情况下，为尽快实现对日遣使目的，刻意的概念模糊、替换。而“怀良”之变成“良怀”，则可能是朱元璋为方便北朝来臣后更改册封对象，事先留下的“误认”依据。第三、赵秩很可能并非在洪武三年后长时期滞留日本，而是曾受命两遣日本。祖阐、克勤的密使说极有可能是真实的。第四、朱元璋断绝明·日关系的原因很可能是为化被动为主动，对政权正统性、合法性的保护性政策。第五、围绕对日政策，洪武朝朝臣与朱元璋似乎产生了偏差，朝臣们似乎更加强调禁倭，而朱元璋则在努力缓和倭寇问题，强调称臣要求。至朱元璋产生断绝明·日关系设想产生后，双方目的诉求方开始合一，也由此导致了洪武朝中后期大量的海防举措。