近年来,财政专项资金在我国政府财政体系中占据越来越大的比例。财政专项资金具有种类繁多、涉及面广、专款专用的特征,导致难以形成统一的绩效评价标准。因此,有必要根据财政专项资金的设立目的,构建相应的绩效评价指标体系。高校财政专项资金已成为高等教育财务体系的重要组成部分,高校财政专项资金的使用绩效直接决定了财政专项建设效益和高校整体建设水平。在国家“双一流”建设和江苏省高水平大学建设的背景下,本文以江苏高校品牌专业建设专项资金为研究对象,选取江苏省15所“双一流”建设高校的66个品牌专业为研究样本,主要研究了两部分内容:一是以“经济性、效率性和效益性”为目标,对高校品牌专业建设财政专项资金的分类超效率DEA绩效评价研究;二是基于利益相关者视角,对高校品牌专业建设财政专项资金的绩效得分展开影响因素分析,进一步深化高校品牌专业建设财政专项资金绩效研究。高校品牌专业建设财政专项资金绩效评价和影响因素研究结果表明:江苏高校品牌专业建设整体呈现高投入—低绩效、第一类品牌专业绩效水平高于第二类品牌专业、文科类专业绩效水平高于其他专业的特征;非DEA有效的品牌专业在实验实训条件建设方面投入冗余程度和产出短缺程度都是最高;政府拨款与高校品牌专业建设财政专项资金绩效呈负相关、院最高行政领导学术声望以及校企合作与高校品牌专业建设财政专项资金绩效呈显著正相关,其中,校企合作的影响程度是最高的,而品牌专业建设项目负责人行政级别对绩效没有显著影响。最后根据实证分析的结果提出对策建议:落实高校财政专项分级分类建设、建立可持续性高校财政专项资金绩效评价机制、建立企业与高校品牌专业的合作机制。