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隆线溞（Daphnia carinata）为节肢动物门（Arthropoda）、甲壳纲（Crustacea）、鳃足亚纲（Branchiapoda）、枝角目（Clasocera）、溞科（Daphniidae）动物，在淡水生态系统中占有重要位置，绝大多数生活于池塘、湖泊以及江河中。溞属动物物种形态鉴定标准仍存在许多模糊不清之处，利用分子生物学手段可有效重估不同溞属动物形态型的分类地位，并揭示形态相似种群的真正变异。本文旨在测定隆线溞线粒体基因组序列，分析其基因组成和结构特征，进而为研究溞属动物的分子系统进化提供依据。本研究采用LA-PCR和普通PCR方法，获得隆线溞线粒体基因组序列，并对序列进行了组装和注释，拼接后得到了14747bp的隆线溞mtDNA序列。这段序列A、T、G、C碱基的含量分别为33.8%、36.5%、14.4%、15.3%， GC-Skew值为-0.009，AT-Skew值为-0.027。通过序列同源性和结构分析，鉴定了36个基因，包括13个蛋白编码基因、21个tRNA基因和2个rRNA，推测到未能扩增到的基因包括tRNAIle、tRNAMet以及控制区。在13个蛋白质编码基因中，起始密码子包括ATA（ND5）、ATG（COII、ATP6、COIII、ND4、CYTB、ND1、ND2）、ATT（ND3、ND4L、ND6）、GTG（ATP8）和一个特殊的ACTA（COI），终止密码子包括TAA（ATP6、ND4L、ND6、ND1）、TAG（ATP8、COIII、ND3、CYTB）和四个不完整终止密码子T（COI、COII、ND5、ND4）。在预测的21个tRNA基因的二级结构中，除了tRNA-SerGCU缺少D臂之外，其余的均可形成典型的三叶草结构。所有预测的二级结构中共出现2处U-C错配，1处A-A错配和1处U-U错配。36个基因中，蛋白质编码基因ND2、COI、COII、ATP8、ATP6、COIII、ND3、ND6和CYTB，以及tRNAMet、tRNATrp、tRNALeu2、tRNALys、tRNAAsp、tRNAAla、TrnaGly、tRNAAla、tRNAArg、TrnaAsn、tRNASer1、TrnaGlu、tRNAThr和tRNASer2基因位于H链，其余基因则位于L链。基于COI基因DNA或氨基酸序列进行了同源性、进化分歧及密码子使用偏向性等方面的比较，分析结果和采用不同方法构建的分子系统进化树均显示：中国来源的两种溞属动物——隆线溞与大型溞亲缘关系较近，显示出与形态学分类结果的一致性；但长期的地理位置隔离可能增加了形态相似但来源不同（北美与中国）同种蚤状溞（Daphnia pulex）的种内遗传距离。