本文首先论述了我国有关农村土地物权制度基本构成,我国的土地产权制度可以大致分为土地所有权以及土地的经营、使用等权利。“农村集体”享有土地所有权人的地位,而“农村集体经济组织”或者村民委员会代表“农村集体”享有管理权,对于使用权主体,则需要根据农村土地的不同分类而分别进行探讨。另外,笔者认为完全可以把“农村集体”作为非法人团体的一种,以此解决目前存在的农村土地“所有权虚置”问题。关于农村土地权益保护的法律依据主要规定在《土地管理法》、《物权法》和《农村土地承包法》等法律中。农村土地权益主要有土地承包经营权,农村集体所有建设用地使用权,宅基地使用权,林地使用权等土地物权,对其保护应该遵循以下原则：以土地利用为先原则；物权法定原则；政府适度干预原则；其他原则。转包、出租、互换、转让、入股是土地承包经营权流转的主要形式,反租倒包则是我国农业经营规模化发展中出现的一种新形式。对农村集体所有建设用地使用权的流转,法律上作了较多限制性规定,但中央和地方政府提出农民集体所有建设用地使用权可以依法流转。对于农村宅基地使用权,因其福利性色彩较强,故法律法规对其流转限制颇多,要求贯彻执行“一户一宅”原则,目前较有争议的是,城镇居民能否通过继承农村住宅的方式取得宅基地使用权。农村土地权益保护中存在的问题主要有：一是,在农村土地承包经营权流转过程中,农民的知情权、参与权往往被剥夺,利益被侵害。对此,笔者认为承包经营权人在流转过程中应当拥有较大的自主权。二是,目前存在一种隐形的城乡差距：城市居民对其享有的祖传房屋及房屋基地使用权称之为建设用地使用权,而农村居民的对等权利则称之为宅基地使用权,两者的差别极大。三是,小产权房屡禁不止,渐成尾大不掉之势。实践中还存有以下几种违法征地问题：以租代征；为非法征地而任意解释“公共利益”；伪造材料骗取审批。另外,农民的应得利益在征收农地过程中极易被忽视,其合理诉求在得不到满足时可能引发冲突。对农地的不当征收会造成一系列不利后果：对国家的粮食安全构成威胁,影响农村的稳定发展,失地农民面临困局等。在实际生活中,农民往往无法通过征地补偿而获得其应有的利益,以至于中共十八大报告提出“改革征地制度,提高农民在土地增值收益中的分配比例”。目前《土地管理法》所规定的按照被征耕地被征收前的平均年产值倍数进行补偿的办法在今天看来显得尤为粗糙和简单,迫切需要进行改革。