本文对地方保护主义概念进行了界定。地方保护主义就是地方政府运用公共权力维护其辖区内各主体利益的各种保护行为，表现为经济上的不合作。各自为政的地方保护主义政策阻挡了国内要素、商品的自由流通，也阻挡了中国向自由统一的市场经济迈进的步伐。试图沿循地方保护主义产生发展、出现的原因、导致的后果这一脉络对中国的地方保护主义问题做一个较为深入的分析，从中国的制度变迁中寻找其出现的原因，解释和解决这一问题。运用新政治经济学、演化经济学、政府竞争理论及博弈论方法，从理论与现实二方面进行了对比分析，讨论理论上“应该怎样”，而现实中“究竟是怎样”，以及“为什么是这样”。 首先，从演化经济学的视角对地方保护主义的历史与现状、手段和特征以及造成的后果进行了概括。 其次，运用“边界效应”这一方法，从经济总体、三大产业、八大行业和十一大制造业的角度，逐步深入地进行了分地区和分行业的贸易保护程度的实证测算，认为中国的省际壁垒相当于欧洲统一大市场内部国家间的壁垒，内陆比沿海的保护程度要严重。不同行业的保护程度也不相同，农业和服务业的保护程度要高于工业部门，工业部门内部以食品和烟草业、纺织服装业以及交通运输设备制造业的保护最为严重，金属冶炼及制品业、非金属矿物制品业以及木材加工家具制造业的保护相对来说最轻。最后又运用对外贸易依存度测算的方法进行分析，支持了上述结论。最后又用贸易依存度计算方法对区域间行业间的对外经济联系进行分析，区分了不同地区不同行业的不同开放程度，支持了“边界效应”方法的计量结果。 然后，从地方政府间财政竞争的角度进行了分析。中国放权让利的渐进改革过程就是将高度集中的中央权力下放给地方政府和企业的过程，市场化改革的不彻底使得地方政府由此获得了对地方企业事实上的控制权和索取权，获得了更多权力的地方政府成为一个独立的经济利益主体。中国财政制度的一些弊端，使得处于财政困境的地方政府更紧密了它与所隶属企业的关系，使其具有了干预经济运行的能力和冲动。采用一个“囚徒困境”模型来展示地方政府作为企业的“代理”，为争取市场份额，保护辖区利益而采取的行动组合，对利益分配的争夺导致了地方保护主义的产生。 最后，运用新政治经济学方法，在政府竞争的框架下，从经济竞争和政治竞争双重竞争角度对地方保护主义产生的根源进行了分析。理论分析之后又引入一个政治锦标制模型，来展现竞争双方的静态和动态博弈，推导出其行为对策，由此展示这种双重竞争所带来的负向激励作用，以及地方保护主义产生的必然性。