【摘 要】
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本文首先对RNA级结构预测系统的研究进行了回顾,主要研究内容有三个方面:首先分别使用基于单序列和多序列比对的计算机预测RNA二级结构的方法,预测二级结构已知的HIV-1基因组
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本文首先对RNA级结构预测系统的研究进行了回顾,主要研究内容有三个方面:首先分别使用基于单序列和多序列比对的计算机预测RNA二级结构的方法,预测二级结构已知的HIV-1基因组中重要的序列片段RRE的RNA二级结构,并给出相关预测软件的性能评价,确定使用基于单序列输入的Windows操作系统下的预测软件-RNAstructure预测HIV-1病毒中的RNA级结构;接着通过对SARS病毒全基因组序列的按照功能区和非功能区分段的方法,并结合使用Windows操作系统下的两个RNA二级结构预测软件-RNAstructure和RNAdraw,预测出SARS病毒的RNA二级结构,而且还通过对Linux操作系统下的RNA二级结构预测软件mfold-3.1.2的详细研究,完善了对SARS病毒基因组中使用Windows操作系统下的两个软件均无法预测的长度在7000nt以上的序列片段(ORF1a和ORF1b)的RNA二级结构预测;最后通过归纳实验设计反义作用片段的策略,并应用反向生物学的原理,筛选出适合人工设计HIV-1病毒的反义片段的作用靶位20个,根据已有的实验验证结果显示,其中有7个已经证实为有效靶位;筛选出适合人工设计SARS病毒反义片段作用的靶位13个.本研究整合计算机强大的运算能力、RNA级结构的预测系统、病毒的全基因组数据、反义作用的实验设计这四大方面的内容,探寻一种能够有效解决药物设计中靶位有效选择这一难题的新方法.本研究的理论成果正在进一步的实验验证中,一旦验证有效,则会对整个药物研发领域产生重大影响.
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