创新能力是国家的发展之基,区域创新是国家创新的重要组成部分,国家和区域只有不断创新,才能在国际竞争中处于领先的地位。科学技术的本质就是创新,区域创新能力的提升可以有效地提高国家的科技竞争力。当下面临着经济转型升级,如何迈入创新型国家的行列,国家和区域创新能力的提升显得尤为重要。近年来,国家不断加大创新资源的投入力度,但是各区域间创新活动的空间差异仍然显著。从创新投入量转换到创新效率的衡量是识别区域间创新能力差距,探索区域创新动态演化规律,提升国家创新能力整体水平的关键。基于此,本文在经典CCR模型的基础上,考虑区域创新系统的实际情况,在模型构建层面上选择产出为导向,调整测量尺度构建基于松弛变量测度的至前沿距离最远函数,并采用超效率优化作进一步处理,以提高区域创新效率排名的区分度;评价问题层次和数据类型方面,从系统内部结构和动态多周期的角度出发,将区域创新系统划分为技术研发和成果转化两个子阶段,引入永续盘存法测度资本存量,作为多周期间的动态结转;并通过权重系数模型定量计算周期效率和系统效率间的权重关系。通过优化的动态网络DEA模型,本文考虑2年时滞期选取2011-2015年我国30个省级区域的面板数据,开展对区域创新阶段效率、周期效率和系统效率的测度,通过评价结果得出我国三大地区十二五规划期间创新效率的演化规律,以及各区域阶段创新效率的分布特征。根据上述结论,本文给出了区域创新效率的提升路径以及相关的对策建议。