【摘 要】
:
结构域是蛋白的一个结构层次,可以看作蛋白质结构,折叠,功能,进化和设计的基本单位.大多数的蛋白质都可分为若干个结构域,结构域的不同组合使蛋白质具有不同的三级结构并具有
【出 处】
:
中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所 中国科学院上海生命科学研究院
论文部分内容阅读
结构域是蛋白的一个结构层次,可以看作蛋白质结构,折叠,功能,进化和设计的基本单位.大多数的蛋白质都可分为若干个结构域,结构域的不同组合使蛋白质具有不同的三级结构并具有不同的功能.蛋白质结构域的划分在理论与应用上都具有重要意义,但目前对结构域的划分还没有一个十分理想的方法.为此,我们提出了一个采用折叠自由能划分蛋白质结构域的方法,概括了结构域定义的最基本的特点.对于双结构域蛋白质,首先把一个蛋白质在序列上不同的切点划分成连续的两部分,然后用结构参数化方法分别计算蛋白质两部分的自由能,综合比较不同划分情况下蛋白质两部分的自由能,确定该蛋白质的最佳结构域划分位点.我们一共选取50个不同种蛋白质的结构域划分结果作为计算的对照集,其中49个来自于其他结构域划分程序的结果,1个来自于实验报道.大多数蛋白质的结构域划分结果与文献报道一致,另一些虽然与文献报道结果不一致,但比文献报道结果可能更合理.说明以折叠自由能为基础划分蛋白质结构域的想法是合理和可行的.将折叠自由能应用于连续结构域的划分得到了比较满意的结果,为了使这一方法能够应用于任意数目的、连续或不连续结构域的蛋白质系统,我们对该方法进行了全面改进,使之成为一个称之为PDOM的完整的结构域划分系统.基本思想是:首先构建一个氨基酸残基相互作用矩阵,然后根据残基相互作用的大小对残基重新排序,并得到一个经过重新排序,反映残基相互作用关系的残基序列;然后用以前报道的方法沿着重排序列在不同切点将蛋白质结构划分为两部分结构,比较不同切点的去折叠自由能并考虑其他影响因素确定一个最佳切点,得到两部分结构,用相同的标准,对每一部分结构,尝试进一步的划分,直到无法继续切分为止.用由55个蛋白质结构组成的测试数据集评估PDOM,如果以晶体结构作者确定的结构域划分作为标准,PDOM的划分准确率为76%.
其他文献
随着我国医疗技术水平的不断提高,医疗设施建设日趋完善,对医院建筑的内部装饰装修设计提出了更高的要求,医院建筑内部空间设计逐步向着科学化、专业化、人性化、舒适化、便
随着社会的发展和经济的提升,建筑工程行业也在不断的发展与进步,其中土建工程的发展为社会各行各业都带来了基本的保障,以此进一步提升了社会生产和人们生活的品质.但在实际
本文主要针对节能环保理念下的绿色建筑外装饰施工技术展开深入的研究,并提出几点针对性的建议和措施,以供相关人士的参考,旨在不断提升建筑施工的质量和水平.
通过对广州市公园现有植物景观的调查,摄取相关景观的照片,采用研究自然风景质量评价的心理物理学方法中的评分法(SBE法,Scenic Beauty Estimation Procedures)和比较评判法(LCJ
随着我国社会的不断进步,经济的不断发展,人们对于城市的环境要求也越来越高.为美化城市环境提高人们的生活质量,需要加大对城市公共艺术中装饰雕塑艺术的建设.提高城市的环
随着能源、环境和气候问题日益突出,风能、太阳能等可再生能源得到了众多国家和地区的广泛关注。综合能源系统作为不同能源品质、多样化能源品种之间协同转化、协调高效运行的
摘要:问题学生产生的原因是多方面的。对于这些学生,我们必须给予更多的关爱,平时要加强心理辅导,引导他们向好的方面发展,最终消除厌学情绪。 关键词:问题学生;心理辅导;教师 中图分类号:G632.0 文献标识码:A 文章编号:1992-7711(2016)06-0012 一、问题行为情境 小洋,15岁,是一名八年级的学生。他小学的成绩还一般般,处于班级的中等水平。自从上了初中以后,常常因为考
植物病原线虫造成农作物的损失是巨大的,在线虫的生物防治中,食线虫菌物是研制开发线虫生防菌剂的主要生防菌来源.在生防菌施入土壤中时由于土壤抑菌作用的影响,菌体在土壤中
这些年来,中国一直朝着城市化发展,人们对于住房的大小和生活质量的要求越来越高.在做建设项目的时候,许多先进的建筑新技术应运而生.模块化幕墙的建设带来了节能环保的效益,