在国内外水资源短缺的严峻形势下，提高我国小型农田水利工程的治理绩效，既是提高水资源利用效率的关键，又是促进其作为农村重要的基础设施可持续利用的手段，也是保障我国的粮食安全的有效措施。新中国成立后，我国就不断进行小型农田水利工程治理制度创新，工程的治理模式也不断随之改变，但是实践中工程的治理仍然存在种种困境。因此，为了提高灌溉用水效率、保障粮食安全和解决农业生产基础设施的可持续利用，本文以小型农田水利工程为研究对象，找出其治理绩效的影响因素和提高办法。论文以制度相容为视角，对我国小型农田水利工程的治理制度、治理模式以及组织架构进行深入研究，探讨在政府投入减少背景下如何制定有效的治理制度、选择合适的治理模式和构建参与性强的组织架构来达到工程可持续利用目的，以期完善农村公共物品治理理论。论文的大致结构为：首先，对我国小型农田水利工程的特性进行分析，指出工程的特性主要体现在工程属性、经济属性和社会性；其次，基于利益相关者理论，从制度变迁的历史轨迹动态分析利益相关者关系与小型农田水利工程治理状况，为目前的既存利益关系进行纵向梳理，并对工程的产权制度改革的缘由、实践成效和制度冲突进行分析；再次，基于制度相容视角对小型农田水利工程治理的正式制度和非正式制度研究，认为工程治理变迁成功的关键是主要相关正式制度之间以及正式制度、非正式制度之间的兼容性，本文的正式制度层面研究内容是水权制度、水价制度和农村税费改革，非正式制度层面研究内容是农民意识形态和农村社会资本；接着，论文研究了我国小型农田水利工程治理模式和组织架构，在对小型农田水利工程的投入模式、运行方式和驱动模式分析的基础上，提出工程的政府、市场和社会化多中心治理模式，并针对我国专业用水合作组织的缺乏，对我国的用水合作组织——农民用水者协会进行系统研究；最后在对治理制度和治理模式分析的基础上，构建了小型农田水利工程治理绩效评价体系。