在当前国际竞争空前激烈、经济全球化及市场化进程进一步加快的大环境下,政府管理模式改革成为世界各国必须面对的重要课题。随着我国经济体制由计划经济向市场经济转轨逐渐深入,传统政府投资项目管理模式呈现出权利集中、资金浪费、超支责任难以追究等种种弊端,已不能适应新时代的发展需求,政府工程项目管理模式的创新和选择是改变传统政府投资项目管理模式弊端和提高工程管理效率的重要途径。政府工程管理模式的合理选择对提高政府投资管理效益、控制项目投资方面具有及其重要的意义。文中在对非经营性政府投资项目管理模式选择机制的研究以及武汉市中介市场条件分析的基础上,对武汉市现有的非经营性政府投资项目管理模式进行了分析与研究,提出了改进,并对非经营性政府投资项目管理模式选择及其承发包方式作了讨论和分析。管理模式的选择对政府投资项目的进行能否取得较好的经济及社会效益,是需要建立在对项目进行科学评价的基础之上的。对非经营性政府投资项目进行评价,能够帮助政府投资管理者更好的选择项目管理模式,并为政府投资决策提供一定的理论依据,因此具有很重要的现实意义。文章应用FCA-DEA评价方法提出了一套基于综合效益指数计算分析的非经营性政府投资项目评价方法,从项目建设过程、项目运营、效益费用及项目影响四个方面建立了评价指标体系,即评价非经营性政府投资项目的5个输入指标(决策工作、造价额、监理执行、配套设施、运用管理模式)以及6个输出指标投(投资控制目标、进度控制目标、质量控制目标、效益费用比、项目可持续性和项目影响力),并提出了指标赋值方法。在前面理论的基础上,利用MATLAB编程处理,求解相对效益综合评价指数,从而系统全面的对三个类似非经营性政府投资项目进行评价。由于该评价方法中的数据大多数来源于实际数据,不需任何建模,其适应性更强,结果更准确。最后文中在对数据的比较分析中提出了非有效决策单元或弱有效决策单元应改进的方向和程度,以期为代建制的实施提供相应的理论依据。