目前，随着我国经济的快速发展，各地政府相继启动一系列重大工程项目的建设，开发力度史无前例。作为一项系统工程，重大工程项目具有诸多特点，比如规模庞大、技术先进、结构复杂、投资巨大、参与方众多、影响因素众多、地位重要，在建设过程中难免会遇到一些技术难题。实践证明，由业主、设计、施工、高校、科研单位等参与的合作技术创新是解决这些技术难题、增强企业核心竞争力的有效途径。　　在重大工程项目合作技术创新中，业主与建筑企业之间、建筑企业之间都缺乏长期稳定的合作关系，难以在有限的工期内彼此配合，共同完成创新。这不仅影响建筑企业技术创新的积极性，同样也可能损害重大工程项目本身的利益，会导致严重的后果。那么，如何对重大工程项目合作技术创新风险进行很好的管理，成为亟待解决的问题。　　本文先对技术创新、合作技术创新、合作技术创新风险及合作技术创新风险管理等概念和相关理论进行分析，并归纳得到了合作技术创新及其风险的一些特点。针对这些特点，运用WBS-RBS方法对重大工程项目合作技术创新进行风险识别。　　在进行风险识别之后，建立重大工程项目合作技术创新风险指标体系，并结合基于模糊数学的网络分析法和未确知测度评价方法提出未确知-模糊综合评价法，对重大工程项目合作技术创新风险进行评价。即首先，利用未确知测度评价模型得到各风险评价指标的单指标测度;再利用网络分析法求出各风险评价指标的权重;最后，将单指标测度与风险评价指标的权重相结合，计算出多指标综合测度，并按置信度识别准则对重大工程项目合作技术创新风险进行综合评价，得到风险评价结果。　　同时，本文还针对重大工程项目合作技术创新中的各种风险因素，提出相应的风险应对策略和具体的风险应对措施。　　最后，运用上述方法，对“中等透水岩土体灌浆防渗研究”进行风险识别和风险评价。即运用WBS-RBS法对风险因素进行识别，建立风险评价体系，再运用未确知-模糊综合评价法对风险进行综合评价，得到的评价结果与项目实际相符合。　　本文的研究不仅对重大工程项目中合作技术创新项目的风险展开了系统而深入的研究，丰富和完善了合作技术创新项目风险的理论与方法，具有一定的学术价值，而且为参与合作技术创新的建筑企业更好地进行风险管理提供了指导和依据。