2010年12月至2011年11月，对大亚湾海域的浮游植物群落结构及环境因子进行了周年调查；建立了赤潮藻类PCR-DGGE监测方法，并采用PCR-DGGE技术对大亚湾海域浮游植物DNA指纹和遗传多样性进行分析。目的在于揭示大亚湾浮游植物群落结构的季节变化，为养殖海域浮游植物群落和生态环境的变化提供背景资料，并为大亚湾赤潮预防、赤潮监测提供科学依据。观察结果表明，大亚湾浮游植物中以硅藻为主要类群，其次为甲藻，本次调查共鉴定出浮游植物93种，其中冬季观察到浮游植物48种，硅藻优势种为斯氏几内亚藻(Guinardiastriata)、中肋骨条藻(Skeletonema costatum)，甲藻优势种为锥状斯氏藻（Scrippsiellatrochoidea）；春季观察到浮游植物43种，硅藻优势种为角毛藻（Chaetoceros spp.）、中肋骨条藻，甲藻优势种为红色赤潮藻（Akashiwo sanguina）；夏季观察到浮游植物42种，硅藻优势种为角毛藻、丹麦细柱藻（Leptocylindrus danicus）、拟菱形藻（Pseudo-nitzschiaspp.），甲藻优势种为锥状斯氏藻（Scrippsiella trochoidea）等；秋季观察到浮游植物49种，硅藻优势种为拟菱形藻、中肋骨条藻、菱形海线藻（Thalassionema nitzschioides）等，甲藻优势种为锥状斯氏藻等。春季样品中甲藻种类明显多于冬季、夏季和秋季。大亚湾9个站点中不同站点间浮游植物数量相差较大，且季节波动明显。夏季的浮游植物的细胞总数最高，秋季次之，冬季第三，春季最低。秋季浮游植物种类最丰富，其次为冬季，春季和夏季最低。各站位间浮游植物种类数相差不大，相对来说，S2、S3和S9浮游植物种类数较为丰富。各站点浮游植物的多样性指数和均匀度均相差不大。运用DGGE技术，研究了我国沿海7种重要赤潮藻类的单一种类以及混合种类样品的18S rDNA V3区的DGGE指纹图谱，并且对2009年10月底在广东省珠海海域发生的双胞旋沟藻（Cochlodinium geminatum）赤潮样品进行了DGGE分析。结果表明，DGGE技术能够对环节环沟藻（Gyrodinium instriatum）、海洋原甲藻（Prorocentrum micans）、红色赤潮藻、锥状斯氏藻、中肋骨条藻、塔玛亚历山大藻（Alexandrium tamarense）、双胞旋沟藻（Cochlodinium geminatum）7种常见的海洋赤潮藻类具有较好的区分效果，同时监测出赤潮样品中双胞旋沟藻、红色赤潮藻、环节环沟藻和海洋原甲藻4种优势种，种类组成与显微镜观察结果具有较好的一致性。浮游植物DGGE图谱分析结果显示，夏季和秋季浮游植物DGGE指纹图谱的条带比较丰富，春季和冬季浮游植物指纹图谱的条带相对略少。浮游植物DGGE指纹图谱中各站位的相似性分析结果表明，春夏秋冬四个季节的浮游指纹图谱的聚类结果中S1与S3站位均归为一类，相似性较高，这与浮游植物观察数据SPSS聚类结果基本一致。甲藻DGGE图谱条带的多样性明显低于浮游植物条带多样性，符合甲藻为大亚湾海域浮游植物中的第二大类群的显微观察结果。说明PCR－DGGE技术对浮游植物DNA指纹及浮游植物分子多样性进行监测可以在一定程度上反映浮游植物群落结构。