产学研合作是重要的创新模式,也是创新体系的基本组成部分。通过重大科技任务的实施,促进产学研合作,是国家创新体系建设的重要途径。《国家中长期科学和技术发展规划纲要(2006—2020年)》确立了16个重大科技专项,这些重大科技专项不仅项目经费投入巨大,技术更加复杂,科技与经济结合的要求更高,而且往往涉及多个部门,要求政府部门、科研机构和产业界更加有机紧密的结合。目前,重大专项的管理和组织实施受到社会各界的极大关注。在取得重要进展的同时,专项的组织管理也面临新的挑战,迫切需要探索把政府组织协调与市场配置资源、社会协同参与紧密结合起来,实现产学研协同的新型组织模式。针对政府组织的重大科技任务,国内外已经开展了一系列的研究和实践,然而,将产学研合作创新理论与重大科技任务实践结合的研究还不多,围绕我国新形势下的科技任务组织模式的政策研究还需要不断深化,对中国情景的国家创新体系的解读与探索,以及在此基础之上针对重大科技任务的组织思路、组织体系、组织机制与组织方式还没有形成系统性的研究成果,特别是需要加强在对比分析、历史研究基础上的系统性研究。为此,本文采用国际比较、历史分析的研究脉络,重点围绕美国国家纳米计划、欧盟框架计划、韩国先导计划、日本超大规模集成电路计划等国外代表性的科技任务,分析不同国家和区域组织产学研合作的科技任务的特点和模式；重点梳理了我国建国以来不同时期组织科技任务以促进产学研合作的相关经验和问题。在此基础上,本文提出了现阶段重大科技任务组织的几个关键问题,依托创新理论和组织理论,按照系统设计的方法,试图搭建一种符合我国国情的国家重大科技任务组织体系,汇总并探索可能的组织模式,并围绕政府、市场、社会的作用,提出相应的组织机制,从而为目前正在推进的重大科技专项实施以及下一步我国深化政府科技管理改革提供参考。本文的主体内容包括六个部分。第一和第二部分分别为绪论、概念界定与相关理论。这两部分是全文的基础,提出了本文的研究意义、研究问题和理论依据,明确了重大科技任务和产学研协同创新的概念。第三部分和第四部分分别为国外产学研合作重大科技任务的典型案例分析、我国不同时期重大科技任务组织模式的特征分析,是本文的实证分析部分,重点分析了美国国家纳米计划、欧盟框架计划、韩国先导计划、日本超大规模集成电路计划等国外代表性的政府组织科技任务,以及我国在政府指令时期、体制转轨时期、创新驱动时期不同历史阶段组织实施的代表性重大科技任务,梳理了不同区域、不同发展阶段重大科技任务组织的背景、特点和组织模式。第五部分为本文的问题分析部分,针对重大科技任务组织与管理的五个问题进行了深入分析,主要包括：科技与经济的关系、科技任务行动者的边界、政府的作用、企业的作用、诚信环境与知识产权等。第六部分为本文的建议部分,提出了我国重大科技任务组织的体系、思路、机制、方法与方式。(1)在体系建设方面,本文提出了一种包括指导层、实施层、成果层在内的组织框架,实施层包括落实任务实施的创新协同体系、创新评估体系和创新保障体系。(2)在组织理念方面,本文提出了从市场和社会发展需求出发的任务导向理念,衔接科技基本计划,按照“自上而下”和“自下而上”相结合的方式,实现重大科技任务顶层设计与领域、项目任务分解的有效对接。(3)在组织机制方面,本文提出了一种包括政府科技主管部门、经济社会发展领域部门、企业、大学院所在内的“四重螺旋”统筹合作机制,它由政府间的联动机制、产学研合作的供需对接机制、中央与地方的协同机制等构成。(4)在组织方法方面,本文引入了产业领域的技术路线图和社会发展领域的生活实验室方法。(5)在组织方式方面,本文围绕大科学项目、战略性大科技工程、产业应用类大科技工程三类重大科技任务,概述了十五种组织方式,包括：大学主导的持续性研发、院所承担的持续性研发以及大学、院所联合研发；政府主导的战略性技术、政府主导的战略性产品；技术转移、业务外包、战略联盟、联合实验室、风险投资、地方匹配、大学科技园、衍生新企业、衍生新组织、科技条件平台等等。