政府性基金设立制度是政府性基金产生之制度,是政府性基金运行之始,也是决定政府性基金是否具有合法性与正当性的根本环节。我国目前的政府性基金存在众多问题,但其中核心问题便是政府性基金的合法性与正当性的欠缺。本文围绕政府性基金的合法性与正当性问题,以政府性基金的法学理论为基础分析政府性基金合法性与正当性的在实体与程序两个方面具有的应然性状态,以国家重大水利工程建设基金的设立为视角分析其实然性状态,进而通过实然性状态与应然性状态的对比,发现我国政府性基金设立制度存在的问题,进而提出解决之道。政府性基金设立是政府性基金征收、管理的逻辑起点,而政府性基金的概念、特征则是政府性基金设立制度的理论前提,政府性基金的正当性、合法性及必要性是政府性基金设立的抽象的应然状态,是对政府性基金设立的实然状态分析及完善的前提基础。笔者从静态与动态两个角度定义政府性基金,以便构建政府性基金的立体全貌,认为从静态角度看,政府性基金是为实现特定公共政策目的,各级人民政府及其所属部门按照法定程序设立,依法向与特定公共政策目的具有法律关联的特定群体无偿征收的具有专项用途的各种非税收入,包括各种基金、资金、附加和专项收费等类型。从动态角度,政府性基金是各级人民政府及其所属部门以其设立、征收、管理及支出等行为已达到特定的公共政策目的财政行为,包含政府性基金的设立行为、征收行为、管理行为及支出行为。政府性基金的概念中包含了政府性基的形式特征即公共政策的特定性、缴纳义务主体特定性与资金用途专款专用性,也体现了政府性基金的实质特征即特殊法律关联性,笔者认为此种特殊法律关联性是政府性基金的债之关系,政府性基金的设立实质是在政府与特定群体之间建立一种金钱给付的权利义务关系,在这种关系中,政府与特定群体之间是一种对等的关系：特定群体向政府履行金钱给付义务,政府以政府性基金的管理与支出履行其实现特定公共政策目的的义务。而这也是探讨政府性基金正当性与合法性的重要视角之一。政府性基金合法性与正当性的应然状态从实体角度上体现为法律保留原则,从程序正义上须有正当程序约束。而我国政府性基金的实然状态却是在实体正义方面,政府性基金设立依据不足、授权不明,导致了诸多问题；在程序方面,只存在申请审批程序而缺乏法定的设立程序,行政权力色彩浓厚,财政民主与财政法治体现不足。根据实然状态与应然状态之间的差异,解决我国政府性基金合法性与正当性问题,从实体角度,笔者认为政府性基金的设立需要满足设立法定与授权明确原则、比例原则及法律地位对等原则,包含主体要素、客体要素、程序要素及责任要素；从程序角度,笔者认为可以建立包含特定社会群体、政府和专家共同参与的三方参与机制。