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为了解长白落叶松初级无性系种子园遗传多样性,利用14对SSR引物对苇河青山长白落叶松初级无性系种子园内38个无性系,共260个亲本及其自由授粉的21个半同胞家系,共146个子代进行SSR遗传多样性对比研究；通过常规方法调查长白落叶松种子园21个无性系种子性状及其25个半同胞家系子代林生长性状的差异,同时利用SSR分子标记进行去劣疏伐对种子园遗传多样性影响的全面研究,主要研究结论如下：(1)该无性系初级种子园的亲、子代群体均具有较高的遗传多样性,亲、子代平均等位基因数(A)分别为4.0714、4.9286,后者是前者的1.225倍；子代群体的遗传多样性与其亲本群体相比,除了平均有效等位基因数(2.3258)低于亲本(2.3163)外,平均Shannon多样性指数(1.0232)、平均期望杂合度(0.5493)、平均Nei’s基因多样度指数(0.5475)高于亲本(0.9805、0.5146、0.5136),亲、子代群体分别19.72%、10.84%的遗传变异存在于群体之间；亲、子代的基因流(Nm*)的值分别为1.0179、2.0572(均大于1)。亲本、子代的平均等位基因数差异显著,平均有效等位基因数、Shannon多样性指数、期望杂合度、Nei’s基因多样度指数差异极显著,观察杂合度差异不显著。(2)不同无性系种子的千粒重、含水量、优良度、涩粒率、空粒率、发芽势、发芽率差异均极显著。千粒重、含水量、优良度、涩粒率、空粒率变异系数的范围分别为0.99～6.80%、0.73～8.04%、2.52-7.12%、2.47-15.16%、5.68-30.32%。对优良度与含水量、千粒重、发芽率呈极显著正相关,与空粒率、涩粒率呈极显著负相关,含水量与千粒重、发芽势呈极显著正相关,与空粒率呈极显著负相关,千粒重与发芽率、发芽势都呈极显著正相关,发芽率和发芽势之间呈极显著正相关,空粒率和涩粒率呈极显著正相关。半同胞家系子代林的树高存在极显著的差异,其变异系数为0.27～23.61%,而胸径和材积差异不显著,树高和材积、胸径和材积均为着极显著正相关关系。(3)综合各种子指标以及树高多重比较结果以及遗传多样性指标,选择优良无性系,按10%的入选率,90号无性系、253号无性系最好,如按20%入选率选择无性系,90号、253号、32号、85号无性系较好。(4)根据子代表现及亲本生长结实的能力,设计10～60%的疏伐强度进行模拟疏伐,利用POPGENE3.2程序分析疏伐前后各个遗传多样性参数的变化。结果表明：种子园遗传多样性降低程度与疏伐强度成正相关,40%以内的疏伐强度对种子园遗传多样性影响较小,减小幅度小于0.5%；疏伐后无性系内至少要保留7-9个单株才能维持无性系内的遗传多样性,如按照疏伐后保存率为60%推算,长白落叶松种子园建园时,每个无性系至少种植12～15株。