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从构建完整的蝽类昆虫进化树的角度看，目前的研究主要集中在高级阶元和种级阶元两个层面，两者之间普遍存在断层。为改善这样的局面，就必然要在高级阶元的研究中不断扩大属、种级别类群的选取，将更多的类群包括进来。但这样一来就增大了所涉及的阶元跨度，就对重建系统发育的研究中所使用的分子标记提出了更高的要求，要求所使用的分子标记组合能够在从亚目到种这样的跨度范围内的各阶元级别都有较好的解析能力。 如果要选择解析能力范围较大的分子标记组合，有3种备选方案。一个是转录组，一个是细胞核rDNA簇，一个是线粒体基因组。从样品准备、分子生物学实验成本、碱基组成和对类群选取的敏感性等方面分析，细胞核rDNA簇是最合适的分子标记。rDNA簇存在于所有生物有机体的基因组中，且不同片段的进化速率不同，满足了不同阶元级别的要求。当前已有许多昆虫系统发育研究利用rDNA簇中的部分片段作为分子标记，但是还没有一项研究用rDNA簇的全长作为分子标记。 除了序列片段的长度之外，仅有一级序列的信息是不够的，不同类群的rDNA序列之间存在长度变异，这种长度变异会影响序列比对，进而对系统发育重建产生影响，因此还应该构建rRNA的二级结构模型，以确定长度保守区和长度变异区的界限，有效地判断不同片段、不同碱基的位置同源性，能够更加高效地利用序列信息。构建rRNA二级结构模型不仅有利于调整比对结果，基于模型确定的长度变异区还可以作为提供分子层面共有衍征的信息来源，为研究系统发育关系提供新的证据。已有研究证明，类群特异性插入或缺失、相同的长度变异区段长度和类群特异性长度扩展，都可能成为共有衍征。 本研究在正式开始之前，总结了GenBank中蝽总科rDNA簇的数据信息，有9个科有18S rDNA的全长及近全长序列，28S rDNA只有一条近全长序列，ITS没有数据。另外，还总结了蝽总科的系统发育格局争议，在科级阶元的系统发育研究中还存在许多问题。蝽总科在中国已知有8个科的分布，本研究选取了中国分布的蝽总科8科37属38种构成内群，选取了缘蝽总科、长蝽总科和红蝽总科共5科5种作为外群。通过扩增测序共得到了34个种的完整rDNA簇序列，9个种的18S rDNA和28S rDNA的全长序列。在二级结构模型方面，结合本项工作中生成的序列和GenBank中已公布的3科3属4种的序列，基于Eurydema maracandica rDNA簇序列构建了蝽总科SSU nrRNA和LSU nrRNA的二级结构模型。通过序列比对构建矩阵，并在二级结构模型的指导下进行人工比对。通过构建系统发育树和寻找分子共有衍征两方面对蝽总科科级阶元的系统发育进行了探讨并得到以下结果: 所选类群所覆盖的科均为单系，异蝽科位于蝽总科的基部分支，同蝽科位于次基部;兜蝽科与荔蝽科构成一支单系，龟蝽科与盾蝽科构成一支单系。