21世纪以来,科技水平已经成为评价一个国家综合国力的重要标准之一。我国虽然经济发展势头强劲,但改革开放以来的经济增长主要依靠原材料的输出和产品的代加工,自主研发的核心技术少之又少。近几年,科技型中小企业的创新能力得到了政府的高度重视,国家相继出台多项扶持政策。政府的鼓励政策为科技型中小企业提供了良好的成长环境。如今,科技型中小企业已经成为推进科技水平发展、促进国民经济增长的主要力量之一。但在发展的过程中,许多科技型中小企业遇到了融资困难的问题。为了丰富我国的资本市场,新三板于2013年年底开始揭牌运营。研究新三板市场科技型中小企业的融资效率问题对于帮助科技型中小企业健康快速的发展具有重要的现实意义,同时还可以为完善新三板市场提供借鉴依据。本文对我国新三板市场和科技型中小企业相关发展现状进行了概述,并重点分析了新三板市场的相关交易制度以及科技型中小企业的传统融资渠道。在此基础上,利用数据包络方法中的BC~2模型和Malmquist指数法,以在新三板市场挂牌的40家科技型中小企业为研究对象。依据指标选取的原则和企业融资相关理论,构建了综合评价指标体系,从静态和动态两个角度对融资效率测度进行了分析。根据测度结果以及科技型中小企业融资效率的影响因素,文章从企业自身发展和新三板市场管理两个层面上提出了改进建议。