实时PCR是一种最重要的生物技术，广泛应用于分子生物学的基础研究和临床医学的病毒检测。当前，国内外的研究机构都致力于实时PCR仪中应用软件的完善和小型化研发。本文在Windows XP操作系统环境下，分析整个实时PCR反应流程及其实时荧光检测需求的基础上，基于.NET技术平台，选择C#作为通用编程语言，利用串口通信的机理和多线程技术，设计开发了一套实时PCR仪应用软件系统。其目的是开发实现一套操作便捷、功能完善的实时PCR仪应用软件系统，用于实时监控PCR反应过程。该应用软件可以实现数据的采集、温度控制、数据分析和处理、数据实时显示以及格式文件存储等功能。在应用软件中，上位机和下位机之间的数据通信通过串行通信接口实现。在软件主界面上，我们采用上传数据进行实时温度和荧光曲线的绘制，从而实现对PCR反应过程的实时监测。测试结果表明，该应用软件能够满足上位机与下位机硬件系统之间的通信要求，功能合理，具有良好的实际应用效果。最后，本文立足于移动医疗的理念，通过蓝牙通信技术，设计了一个简易的基于Android系统的实时PCR应用软件。经过测试，该应用软件通过蓝牙可以实现移动设备之间的无线通信，并能够对数据进行实时显示，为后续基于Android系统的软件开发积累了经验。