我国涉农重点专项财政资金的来源面广且较为分散，其中占比最重的是来自中央及地方政府的财政支出。长期以来，我国涉农重点专项资金的投入及管理工作一直不够规范，违纪违规问题日趋严重，国家审计部门对涉农重点专项资金合规性的监督成为了审计工作的重点，并以此作为涉农重点专项资金效益审计和经济责任审计的基础和前提。在这种情况下，有关涉农重点专项资金的财务审计的研究以及进一步提高审计部门查处涉农重点专项资金违纪违规问题的能力，便具有了十分重要的现实意义，本文的研究重点集中在农业综合开发资金以及扶贫资金两项涉农重点专项资金的财务审计问题。论文首先是从理论角度阐释有关涉农重点专项资金的财务审计工作的重要意义，同时根据来自吉林省涉农重点专项资金重点投入县的抽查走访情况以及问卷调查的结果进行实际分析，总结目前吉林省涉农重点专项资金中农业综合开发和扶贫资金两方面工作中普遍存在的资金投入及管理环节上的问题，并据此提出加强审计部门的监督职能和监督力度；对目前吉林省有关农业综合开发及扶贫资金的财务审计工作进行研究，分析其中存在的主要问题以及导致这些问题产生的原因，并在此基础上针对性的提出解决问题的措施方案；论文在最后部分指出，吉林省审计部门应当在总结实际工作中的经营教训的基础上，系统提出改善吉林省政府财政资金财务管理审计工作的合理化建议，积极配合国家资金管理部门共同完善财务管理制度，提高自身对国家财政资金的监督管理力度，从而确保吉林省涉农重点专项资金得以高效、合规的执行运作。