中国刑事诉讼中检察机关办理自侦案件的退回补充侦查体制有其存在的必要性，公诉部门将事实不清、证据不足的自侦案件及时地退回补充侦查，对于准确、及时地查明职务犯罪、惩治犯罪分子、确保无罪的人不受刑事法律追究有着积极的意义。但司法实践中，对于检察机关自侦案件退回补充侦查措施的运行也有很多问题，这些问题严重影响自侦案件审查起诉的效率，妨碍了诉讼活动的正常进行，侵犯了当事人的合法权利。本文在对实践中检察机关自侦案件适用退回补充侦查的做法进行总结的基础上，深入剖析实践中检察机关自侦案件退回补充侦查存在的问题，并探讨存在问题的成因，并试图寻找解决问题的办法。
　　本文除引言外，正文共分为四个部分，约二万字
　　第一部分首先从概念、特征、意义和适用范围等方面对审查起诉阶段自侦案件退回补充侦查进行简要概述，同时明确本文探讨补充侦查的范围，即审查起诉阶段自侦案件的退回补充侦查。其次，笔者考察了大陆法系、英美法系及俄罗斯的退回补充侦查体系运行方式，从退回补充侦查的启动主体、适用范围、启动程序方面进行研究，以达到进一步了解研究中国自侦案件退回补充侦查制度。
　　第二部分梳理实践中审查起诉阶段自侦案件适用退回补充侦查的主要情形。自侦案件除了法定的事实不清、证据不足和发现漏罪、漏犯等情况需要补充侦查外，实务中还存在被告人提出新的立功线索的情形检察机关适用补充侦查以及公诉部门不适合自行补充侦查时需要退回补充侦查的情形。
　　第三部分分析自侦案件退回补充侦查存在的问题及成因。首先，自侦案件补查比重偏高;补查质量偏低;公诉部门、自侦部门滥用退回补充侦查互借时间，致使案件超期问题严重;公诉部门对退回自侦部门补充侦查的自侦案件监督乏力，出现上述问题违背了补充侦查制度的根本目的。其次，针对上述问题进行探讨并分析导致问题的以下因素，即相关立法体系还不够健全;自侦案件侦查人员侦查业务水平有限，证据理念存在误差;检察机关对于自侦部门、公诉部门的管理体制不够健全;缺乏补充侦查书面意见的理由说明制度。
　　第四部分，对自侦案件退回补充侦查存在的问题及成因做总结的基础上提出解决上述问题的若干对策和建议，该部分也是本文的重点。通过提出对策和建议，笔者期待能对中国现行的审查起诉阶段自侦案件退回补充侦查制度的合理有效运行并最终推动中国刑事司法的有效运行作出微薄的贡献。