基于J2EE(Java 2 Platform Enterprise Edition)平台的Web应用开发方式主要有两种:传统的Web应用开发方式和基于MVC(Model,View,Controller)模式的Web应用开发方式。其中MVC模式的Web应用开发分离了数据控制和数据表现,在实现多层Web应用中占有明显的优势。近年来,随着开源运动的不断发展,从数据持久层到业务层再到表现层都涌现了一批优秀的轻量级开源框架。将优秀的轻量级开源框架应用到J2EE开发中组建轻量级J2EE架构,可以很好的解决传统J2EE中的问题。Spring就是一个实现MVC模式的Web应用开发框架,它可以有效的表达系统的设计框架,降低系统的复杂程度和维护程度。而iBATIS则是一个持久层开发框架,它可以提高数据访问层的开发效率和减轻开发的复杂程度。在基于J2EE的Web应用开发中,服务器端的容器组件是关键的一环。复杂的业务应用需要重量级的容器(如EJB)。而在实现全面且完整的应用时,重量级容器会带来诸如部署复杂,运行缓慢,内在服务多等负面作用。为了简化应用程序开发、部署、降低开发程序的风险和提高程序的可维护性,必须引入轻量级J2EE架构模型。另一方面,生物信息学是当今最重要、最前沿的科学发展领域之一,已被广泛用于基因序列数据的获取、处理、分析和管理等许多方面。生物信息数据的增长十分迅猛,每年几乎都以级数速度增长。现存的生物信息数据库大多以MySQL+PHP或JSP+Hibernate+Struts+Apache的方式构建。前者不仅不利于系统的维护和扩展,而且对整个系统的负载均衡也不利。后者构建方式过于复杂,开发周期过长。基于以上,本文提出以Spring MVC+iBATIS的简洁方式来构建生物信息数据库系统。在本文中,将以生物信息数据库的设计与开发为例。本文的生物信息数据库,采用具有清晰的角色划分、灵活配置功能的Spring MVC作为其MVC的开发模式;采用具有不耦合Java代码和SQL语句的iBATIS作为持久层框架,并特别引入了OSCACHE缓存技术实现组件,对于系统中产生的大量运行日志,采用一个专门的日志记录包Log4j,可以减轻对成千上万输出语句的维护成本。在程序的协同开发过程中,将使用CVS(Version Control System)版本控制系统,用来记录源文件的历史信息。实践证明,用springMVC+iBATIS构建生物信息数据库的方式,可以推广至解决中小企业构建高效Web系统的开发中。因为springMVC+iBATIS的方式,不仅能有效缩短开发周期,提高开发效率,有利于整个系统的扩展和升级,而且能有效的解决系统所面临的大并发和大流量问题,实现服务器的负载均衡。