二十多年来我国加工贸易逐步发展壮大，随着经济全球化步伐的加快，海关作为国内加工贸易主管部门之一，面临的任务就是如何使其管理模式与加工贸易的发展现状更相适应，如何运用现代管理理念推动加工贸易海关管理改革，通过提高管理水平，促进加工贸易转型升级，保障其健康快速发展，而在这个过程中就需要适应的理论作为海关管理改革的理论指导。流程再造理论是二十世纪九十年代美国麻省理工学院迈克·哈默和CSC管理顾问公司詹姆斯·钱皮针对企业业务流程的设计而提出的，他们提出要对企业的业务流程进行根本性的再思考和设计，从而使企业在成本、质量、服务和效率等方面获得进一步的改善。本文在比较分析的基础上，认为流程再造理论对加工贸易海关监管业务具有明显的适应性和可行性，提出应通过重新分析海关监管业务流程、发现问题、进而辅以全新的制度设计和技术系统，以整合现有的监管资源，降低行政成本，提高加工贸易海关监管效率，缓解监管资源匮乏等问题。