通过对辣椒RAPD反应的各个环节，包括DNA提取、PCR反应进行筛选和优化，确定了一个简单、高效、相对稳定的RAPD系统；在此基础上，对来自国内外的46个辣椒种质资源进行了RAPD分析，结合统计分析方法，对46份材料进行了聚类分析和亲缘关系演化分析。结果表明：①辣椒DNA的提取以幼嫩叶较好，DNA产量高，质量优，0.5克幼嫩叶片提取的DNA足够用于RAPD分析。②辣椒DNA的提取，试剂盒法提取的DNA产量最高，纯度最高，质量最好，操作最简单，但费用贵。在样少、需DNA量多质高时，可采用此法。③辣椒RAPD优化体系为：dNTP 0.5ul，引物1ul、Buffer 2.5ul、Taq酶0.5U，模板DNA 2ul，纯净灭菌水18.5ul，反应总体积为25ul；扩增反应在PTC—200型PCR仪上进行，PCR扩增程序95℃预变性1min，36℃退火40s，72℃延长1min 20s，94℃变性20s，41次循环，36℃退火1min，72℃延长3min，4℃保存。④引物T11、Y14、D13在辣椒遗传多样性研究、品种鉴定、指纹图谱构建以及它们的杂种一代鉴定方面有较大的应用价值。⑤根据基因组指纹图谱聚类分析，46份辣椒品种资源可分为六大类，来自贵州的罗甸椒、亚洲蔬菜研究与发展示中心的ICPN9-20、辽宁的紫色观赏椒、云南的金沙江辣椒和小米辣各自独立成一类，其余品种聚为一大类。⑥RAPD基础上的辣椒亲缘关系演化是：小果多籽味辛辣类型圆锥椒→小果味辛辣果多类型簇生椒→长果味辣易干制类型长线椒→长果、肉厚味辣鲜食干制兼用类型长线椒→肉厚果大有辣味类型牛角椒→肉厚果大近似灯笼形或灯笼形，少辣或无辣味类型灯笼椒。