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入侵植物即非本土原产的外域植物,因为自然与人为因素使其迁移至新的环境中,对被入侵的生态造成破坏。生物入侵也会对农业、林业以及畜牧业造成巨大的损失。菊科植物种类繁多,形态复杂,对环境的适应能力强,所以在所有入侵植物中所占有的比例最多,研究菊科植物对植物入侵的防治意义重大。通过CTAB法提取菊科植物DNA,通过琼脂糖凝胶电泳,在成像仪中发现提取的主要几种菊科入侵植物的DNA模板条带整齐、没有杂带、图像清晰。通过紫外分光光度法测量菊科植物DNA的吸光值,获得菊科DNA的OD230、OD260和OD280,利用DNA的纯度公式最终计算表明所提取的菊科植物的DNA纯度较高、质量良好。将提取的DNA做为选择性扩增的模板与加拿大哥伦比亚大学公布的第9套通用引物进行反应,发现引物UBC840、引物UBC880、引物UBC807、引物 UBC844、引物 UBC866、引物 UBC810、引物 UBC886、引物 UBC836、引物UBC879的条带清晰度高、多态性好、较为明亮。将菊科植物DNA进行单因素试验发现在各浓度下均能扩增出条带,通过对扩增条带数目统计,分析得出最适引物浓度为0.2μmol/L、Mg2+离子最适浓度为2.5mmol/L、dNTPs最适浓度为0.2 mmol/L和DNA模板最适浓度为1 ng/μL。单因素试验的初步结果表明DNA浓度、引物浓度、Mg2+离子浓度、dNTPs浓度均对ISSR-PCR反应有较大影响,所以取这4个反应条件作为正交试验的4个因素。通过对这4个反应条件设置4个浓度梯度进行试验,获得最优反应体系为:在20 μL体系中,DNA浓度为1 ng/μL、引物浓度为 0.2μmol/L、Mg2+离子浓度为 2.5mmol/L、dNTPs 浓度为 0.2 mmol/L。每种因素对实验的影响不同,计算极差R值可以得出不同因素对实验的影响程度。R值越大表明该因素对实验的影响越显著,经过计算得知各因素对部分菊科植物ISSR-PCR的影响从大到小依次为:Mg2+>引物>dNTPs>DNA。ISSR标记共扩增出4275条DNA条带,扩增出的大部分条带分子量在166-1000bp之间。平均每对引物获得59条DNA条带,通过对ISSR条带的统计得到了遗传相似系数表,得到各家系相似系数在0.84-0.87之间,平均相似系数为0.8519,紫茎泽兰与飞机草相似系数最大为0.8664,表明两者亲缘关系最近,春飞蓬与小飞蓬相似系数最小为0.8421,表明两者的亲缘关系最远,差异最大。通过酶切、酶连接、预扩增、选择性扩增,AFLP标记共扩增出1944条DNA条带。平均每对引物扩增出27条DNA条带。8种菊科植物的相似系数在0.69-0.74之间,平均相似系数为0.694187,与ISSR结果一样,紫茎泽兰与飞机草的相似系数最大为0.7346,再次证明了紫茎泽兰与飞机草的亲缘关系最近,差异最小。相似系数最小的为狼把草与大理菊为0.6517,通过结果可知AFLP具有更高的可靠性与可重复性,所得的结果比ISSR更加合理,同时,根据遗传相似系数得到AFLP标记的UPGMA遗传聚类图。结果表明ISSR标记技术与AFLP标记技术在以相似系数0.85和0.71为阈值,8个供试植物的分组大致是相同的,均表明紫茎泽兰与飞机草同源性较强,相似系数分别达到了 0.8664和0.7346。最终通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,选择差异条带进行胶回收与测序,获得了紫茎泽兰与飞机草的差异序列。进行ISSR与AFLP标记,分析得到了 8种菊科植物的亲缘关系,本文为入侵菊科植物的鉴定与防治提供了理论基础。综上所述,本论文针对紫茎泽兰、飞机草等菊科植物构建了 ISSR和AFLP分子指纹图谱,论文以泽兰属检疫性杂草紫茎泽兰、飞机草为主要研究对象,并比较同科不但同属的近缘植物加拿大一枝黄花、春飞蓬、小飞蓬、佩兰、狼把草、大理菊等。从44组引物中筛选得到DNA扩增效果最好的9组引物，利用正交试验,建立优化的ISSR反应体系,得到紫茎泽兰、飞机草清晰的分子指纹图谱。共扩增得到特属于紫茎泽兰的位点数为127个,特属于飞机草的位点数为134个,共同属于紫茎泽兰和飞机草的位点数为59个。从64组引物中筛选得到扩增效果最好的8组引物,初步筛选得到43个特属于紫茎泽兰的位点,62个特属于飞机草的位点,12个共同属于紫茎泽兰和飞机草的位点。通过上述ISSR和AFLP分析,挑选紫茎泽兰或飞机草特异表达的片段,经胶回收测序,设计特异引物,按照94 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s,55 ℃退火30 s,72℃延伸60s,28个循环;72 ℃延伸10 min的扩增反应程序,共获得:紫茎泽兰特异扩增的DNA条带（4条谱带）:21-880EA（558 bp）、22-880EA（560bp）、26-810EA（540bp）和 32-807EA（258bp）。飞机草特异扩增的 DNA条带（5 条谱带）:18-879EO（362 bp）、20-879EO（493 bp）、29-807EO（338 bp）、34-807EO（340 bp）和37-879EO（340bp）。通过琼脂糖凝胶电泳结果检测,植物样品中扩增出3条以上特异条带,且重复2次或2次以上,结果一致则可判定样品中包含紫茎泽兰或飞机草植物样本、组织等,从而建立了紫茎泽兰和飞机草等入侵植物特异、快速的分子生物学检测方法。