在前期研究中,利用珍汕97B/密阳46剩余杂合体(residual heterozygous line,RHL)衍生群体,在水稻第6染色体短臂RM19410-Si2944区间分解出控制叶绿素含量QTL qChl6.本研究在此基础上,对目标区间(RM19410-Si2944)发展新的InDel标记,挑选出异质区间分别为RM19410-Si2926和Si2926-Si2944的两套近等基因系R1和R18。在田间种植条件下,测定剑叶叶绿素含量。经检验两套近等基因系内不同基因型之间的表型差异,比较两套近等基因系的异质区间,用SAS软件一般线性模型(Proc GLM)分析数据,进一步将qChl6精细定位于12.2kb的区间RM19410-Si2926内,其作用方式总体上呈加性遗传,增效等位基因来自父本密阳46。利用生物信息学软件确定qChl6序列信息,设计特异引物,克隆得到qChl6基因,构建互补载体,转化水稻得到T3代阳性植株,测定叶绿素含量和光合作用等相关性状,其中叶绿素b含量、光合作用速率、剑叶长度和胞间CO：浓度四种表型有显著差异。GFP载体转化烟草实验结果显示qChl6在核和质中都有所表达,核中较质中表达明显；构建GUS载体并转化拟南芥,得到T3代阳性植株,观察到qChl6在根、茎和叶中都启动表达。通过Real-time PCR分析,qChl6的互补阳性植株基因表达量很高,推断qChl6的表达能引起水稻表型差异。