我国民办高等教育在改革开放的进程中筚路蓝缕、锐意进取,取得了显著的成就,无论是办学规模或是办学质量都有较高的提升。民办高等教育不但丰富了中国高等教育的形式和内容,同时也提供了差异化、补偿化的教育服务,由公办高校的有益补充跃升为中国高等教育的重要力量。但是,由于法制建设的滞后,民办高校在办学中出现了诸多办学不规范的现象,举办者的任意干预使得高校的办学自主权形同虚设,营利性冲动和教育的公益性矛盾凸显,侵害了学生、老师及社会等利益相关者合法权益。民办高校依法独立自主办学的基础是建立法人财产权制度,这对我国民办高校优化高校资源配置和落实法人主体地位发挥着重要的作用。因此,法人财产权制度是建立我国民办高校现代大学制度建设的基石。民办高校法人财产权是指民办高校这一人格化产权主体对对高校财产所享有的一系列的财产权利,包含四项基本权能:占有权、使用权、处分权和收益权,其本质是一种法人财产所有权,具有独立性、完整性和公益性的特点,《民办教育促进法》首次明确了民办学校法人财产权这一概念,并对法人财产权的内容、使用范围做出明确规定,对侵占、挪用、抽逃等违法行为予以明令禁止,并就监督和保障等方面进行了框架性规制,这加速推进了我国民办高校法人财产权制度的建设和落实。民办高校法人财产权制度的建立将有助于落实民办高校法人实体地位,建立科学的民办高校现代管理体制,确立民办学校的办学自主权,保证其按照教育规律办事,促进资本运营的优质高效,推进民办高校持久、健康的发展。然而,在民办高校发展过程中,法人财产权制度的落实情况并未达到法律制定者的预期,暴露出诸多问题,例如民办高校法人财产权主体不清、产权不明,造成学校法人财产和个人财产的混淆,使得举办者违法干预有可乘之机;资产过户存在障碍,过户成本高昂、手续繁琐,使得法人财产权虚置;民办高校法人治理机制不健全,法人财产权缺乏有效监督,都严重妨碍了民办高校法人财产权的有效实施,这将会制约民办高校的持久、有序发展。因此,为构建完善的民办高校法人财产权制度,推进落实其法人主体地位,首先应明晰民办高校法人财产权,真正将出资人投入的资产分离出来,成为高校法人财产,使高校法人具备履行责任义务的财产性基础;同时完善资产管理机制,规范学校资金的合理用途,确保用于学校教学行政性支出。其次,应消除资产过户障碍,有序推进法人财产权的落实。再次,要完善我国民办高校法人治理机制,保障法人财产权制度落实。最后,通过完善民办高校监事会机构、加强政府监管、促进第三方监督等多种形式构建民办高校法人财产权的监督机制,确保民办高校法人财产权制度的有效落实。