苜蓿属Medicago L．植物是豆科Leguminosae植物中的重要类群，其中紫花苜蓿M。sativa L．、黄花苜蓿M． falcata L．及多变苜蓿M． varia Martyn是温带草原广泛分布的优良牧草，对我国畜牧业具有重要意义。由于苜蓿属及其近缘植物存在大量中间类群及苜蓿属内种间存在天然杂交现象，因此苜蓿属及其近缘植物的分类学问题一直未得到明确解决。本研究利用SSR、ISSR、ITS及trnL-TrnF分子标记对苜蓿属及其近缘植物进行了研究，并重点对Medicago sativa complex3个种的亲缘关系进行了分析，主要结果如下： (1)为选择合适的分析手段，本研究以苜蓿属及其近缘植物11个种为研究材料，对SSR和ISSR的标记效率进行了比较研究。确定SSR和ISSR分子标记可以有效的应用于苜蓿属植物种间及近缘种种间分析，且2种标记在11个种间分析时呈显著性相关(r=0.709，t=3.016)，但在分析M． sativa complex3个近缘种时不具相关性(r=0.987，t=6.141)。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘水平的改变，说明不同的标记各自具有不同的多态性有效检测范围。两种分子标记均可把“阔荚类群”与其他种区分出来，M． sativa complex3个近缘种在11个种中遗传距离最近。 (2)结果显示，在两种分子标记下3个种之间平均遗传相似性系数均大于0.9，但三者均可以被有效的区分，因此本研究支持将紫花苜蓿、黄花苜蓿和多变苜蓿划分为紫花苜蓿的3个亚种，分别为紫花苜蓿Medicago sativa subsp. sativa L．、黄花苜蓿Medicago sativa subsp. falcata(L.) Arcang．和多变苜蓿Medicago sativa subsp. varia(Martyn) Arcang．，草原苜蓿Medicago falcata var． romanica(Prod．) Hayek则做为黄花苜蓿亚种下的变种，成为M． sativa var． romanica(Brandza)F．F．Li et D．F．Cui comb． nova(M． sativa subsp. falcata(L.) Arcang． var． romanica(Brandza) Hayek)。在三者之间，多变苜蓿与黄花苜蓿遗传距离较近，与紫花苜蓿较远。 在10个居群中多变苜蓿居群9与黄花苜蓿居群4表现出较丰富的遗传多样性，其中居群4和10具有特殊的变异位点，值得进一步保护。而黄花苜蓿中居群3由于具有变种草原苜蓿在遗传分化上相对独立，其纯合位点较多，且与其他居群的遗传距离较远。多变苜蓿5个居群以及黄花苜蓿4个居群的遗传距离与地理距离不具相关性，分析其原因可能是由生境造成。两种分子标记均显示在M． sativa complex3个近缘种总群体中，遗传分化主要存在于居群内(86％，79％)，种间和居群间的遗传分化所占比例很少。多变苜蓿5个居群间、黄花苜蓿4个居群间及总群体中的基因流均大于1，足以抵制遗传漂变的作用，也同时防止了居群分化的发生。 (3)测得ITS序列在紫花苜蓿、黄花苜蓿和多变苜蓿3个种6个样品中序列完全一致，因而此基因序列不适用于M． sativa complex3个近缘种的分析。 trnL-TrnF序列在3个近缘种中得到17个变异位点，其中多变苜蓿与紫花苜蓿有15个位点完全一致，与黄花苜蓿仅有1个位点相同，因此根据紫花苜蓿父系质体遗传的特性，推测所测多变苜蓿的父本为紫花苜蓿。基于trnL-TrnF序列的M． sativa complex3个种的严格一致树显示，3个种中多变苜蓿与紫花苜蓿聚为一支，其自展支持率为100％。