目前医疗改革成为百姓最关注的、关系民生的问题之一，而占据着目前医疗卫生体系核心地位的公立医院改革的成败决定了整个医改的成败。选择适合的组织结构对提高医疗质量和医院的效率有着巨大影响，而国内对于医院组织结构的研究却非常少见。　　本论文首先介绍了组织结构的相关理论、影响组织设计的权变因素以及如何选择适合的组织变革方式。其次，以中山大学第三附属医院为例，分析了大型公立医院现行的组织结构和形成原因:与近现代医学的发展和改革开放以来的卫生政策，特别是医疗给付政策等密切相关。随后，分析了大型公立医院面临的外部环境和内部因素正在、并将继续发生着重大变化:其在医疗卫生体系中的统治地位将逐步演变成为组成和辅助部分;医疗付费方式也将由按项目付费向按病种付费的过渡;医疗保险中介机构的介入使消费者的议价能力明显提高;而疾病谱和社会期待的改变也对医院如何更好地赢得竞争提出了不同的要求。在这样的环境下，大型公立医院将会越来越倾向于差异化战略，而医疗技术和信息技术的飞速发展使得医院组织的扁平化和加强横向联系成为必然和可能。　　鉴于形成目前组织结构的医学技术、卫生政策都发生了、并将持续发生重大变化，进行医院组织结构的变革势在必行。本论文随后讨论了大型公立医院与基层医疗机构应建立区域性的医疗机构合作模式;而在组织内部，因为目前进行临床科室整合等剧烈变革会遇到非常大的阻力，宜通过相对和缓、平稳的加强横向沟通、联系的变革，逐步培养“改善”、变革的文化。在服务流程方面，通过建设责任护士分管病人的“优质护理服务示范工程”来改善医疗流程，从而实现“以医嘱为中心”转变为“以患者为中心”;最后通过系统和信息化建设来保障医疗安全，构建“患者至上”组织文化。