随着人类经济社会的迅速发展和人口数量的急剧膨胀,水资源消耗不断攀升,加上水体污染的有增无减,使得水资源面临空前困境,这严重制约了社会前进的步伐,在这种背景下,亟需加强对水资源的管理与研究。流域生态补偿机制作为一种调节区域水环境管理的经济手段,有助于改善当前的水环境状况,解决流域上下游区域经济发展不平衡和用水矛盾突出等问题,对实现流域的社会公平和经济的可持续发展具有重要意义。赣江作为江西省流径最长、流域面积最广的河流,承担着全省近一半人口的生产、生活用水,为当地的经济发展提供了保障,但是近年来,由于人们对水资源的掠夺性开发利用和毫无节制的排放污水、垃圾,使得原本富余的新鲜水量越来越紧张。为此,本文在研究国内外流域生态补偿成果的基础上,运用水足迹理论,对赣江流域的水生态安全系统进行初步分析,进而探讨出各区域内的水资源环境问题,确定生态补偿的主客体。论文以位于赣江流域上游的赣州市和下游尾闾区的南昌市为例,通过对这两个地市的水资源可利用总量与水资源消耗总量进行核算与比较,结果显示:赣州市处于水生态盈余,其水资源可利用总量远大于水足迹总量,盈余量高达224.12亿3m;而南昌市作为江西省的行政中心,由于对水资源需求量过大,水资源供不应求,年均水量赤字达15.28亿3m,使得其对上游水资源的水质水量高度依赖,享受了上游生态环保所带来的外部积极效益,根据“保护者受益,受益者补偿”原理,南昌市作为受益区,应对流域生态保护的投入者赣州市进行补偿,经核算得出,在2010-2014五年期间,南昌市需支付给赣州市补偿金额19.92亿元,以分摊赣州市生态投入成本,共同促进流域的可持续发展。