中国城乡二元经济社会结构驱使着教育政策倾向于城市，再加上农村经济基础薄弱，导致农村义务教育优质资源匮乏，城乡义务教育落差大，阻碍了教育公平的实现。如今随着新型城镇化进程的推进，“均衡发展九年义务教育”提到议事日程，为发展农村义务教育创造了机遇，但是农村义务教育发展仍然面临着严峻挑战，即农村人口向城市迁移，农村学生规模缩减，纷纷涌入城市。为应对这一现状，农村地区开始大面积撤点并校，农村义务教育资源闲置浪费与城市教育资源不堪重压并存。因此，在新型城镇化背景下，如何优化农村义务教育资源配置，提高配置效率，更好地把握农村义务教育的发展方向，值得深入探讨。本文基于新型城镇化与农村义务教育资源配置相关性的理论分析和现状分析，建立农村义务教育资源配置效率评价指标体系，运用数据包络分析方法（DEA）对我国29个（重庆、西藏的数据不完整，故对此不分析）省、自治区、直辖市的农村义务教育资源配置的技术效率值、纯技术效率值以及规模效率值进行评价，并经过Mann-Whitney U检验比较分析中东西部地区效率；进而采用Tobit模型进行回归分析，探讨影响农村义务教育资源配置效率的主要因素以及影响程度，结果显示：西部地区农村义务教育资源配置效率总体上低于东部和中部地区；在纯技术效率方面，西部地区与东部、中部地区差距比较明显，制度运行和决策效率低下制约着西部农村义务教育发展；教育资源投入规模不足是中部农村义务教育发展长期存在的问题，实现中部农村义务教育资源规模经济是提高其规模效率的首要任务。短期内，城镇化对农村义务教育资源配置效率形成冲击，资源没有得到优化利用，但从长期来看，提升城镇化质量将会提高农村义务教育资源配置效率。根据研究结论，分别从农村义务教育资源配置的人、财、物、空间布局、制度设计等方面对提高农村义务教育资源配置效率提供政策建议。