解脂耶氏酵母基因组规模代谢网络模型的构建及分析

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随着全球经济的迅速发展,能源日渐短缺的问题越来越突出,开发和利用可再生能源的需求也愈显迫切。当前许多研究者在寻找能在体内以油脂形式积累能量的合适微生物,利用这些微生物生产可以代替传统的化石能源的新型能源。解脂耶氏酵母多生活在富含疏水性底物中,如烷烃或脂类,且目前已研究出其利用疏水底物为唯一碳源的复杂机理。作为油脂酵母,解脂耶氏酵母可以在胞内积累大量的油脂,某些情况下油脂积累量超过其自身干重的50%。基因组的测序为生物学开辟了新的时代,从而可以在系统水平上进行微生物的研究。代谢网络重建已经成为研究系统生物学不可或缺的工具。目前,解脂耶氏酵母的全基因组序列已经测序,其组学信息日益积累。为了更好的在系统水平上理解解脂耶氏酵母的代谢特征,寻求提高油脂生产能力,本文通过结合KEGG, ENZYME及BIGG等多个数据库内的基因组注释信息及其他生理生化信息构建了解脂耶氏酵母的基因组规模的代谢网络。此外,将KEGG和ENZYME数据库中有关所有物种的蛋白和反应关联信息整理到一个EXCEL表格中,从而为其他物种代谢网络的构建提供一个新的具有一定价值的数据库。本文中构建的代谢网络模型iYL619PCP包含有619个基因,843个代谢物和1142个反应。在1142个反应中有236个运输反应,125个交换反应及13个自发反应。利用构建的该代谢网络模型成功地预测了最小培养基及解脂耶氏酵母在不同底物下的生长能力。利用流平衡分析对模型实施单基因敲除和双基因敲除,成功预测了模型内的必需基因、非必需基因以及致死基因对,同时模拟了菌种的分批培养。此外,应用流扰动分析用以设计重整网络流分布及提高油脂产量的突变株。本文构建的解脂耶氏酵母的基因组规模的代谢网络模型可以大大方便系统水平的代谢分析,同时可以用于提高解脂耶氏酵母或其他相近物种生产生物柴油机其他高附加值产物的能力。
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