马铃薯是我国第四大粮食作物，对维护我国粮食安全起重要作用，然而由Phytophthora infestans所引起的晚疫病严重威胁着马铃薯的生产。病原相关分子模式(PAMP)在进化上非常保守，由PAMP诱导免疫反应(PTI)可以为马铃薯提供更为持久的晚疫病抗性。INF1是研究地比较清楚的晚疫病菌分泌的一种PAMP。CF是晚疫病菌液体培养滤液，其中除了主要含有INF1外，还含有其它类型PAMP。本研究分别用iTRAQ和SWATH蛋白质组学技术对INF1和CF诱导后的本氏烟草进行蛋白定量分析，并结合生物信息学手段对采集到的蛋白数据进行分析，探索马铃薯晚疫病PAMP诱导免疫反应机制。主要结果如下:　　1.通过iTRAQ技术对INF1诱导8h后本氏烟草叶片进行蛋白分析，总共鉴定到2964个蛋白，其中32个受INF1诱导差异表达，包括15个上调表达蛋白和17个下调表达蛋白。　　2.进一步对8个上调表达的差异蛋白基因进行了功能验证，通过对目标蛋白基因进行病毒诱导沉默(VIGS)后注射瞬时表达INF1基因，发现ATP依赖的转运蛋白(K4CBY0)和60S核糖体蛋白(O24114)对INF1诱导的免疫反应非常必要。　　3.通过SWATH技术对CF分别诱导0h、8h、12h、24h、48h后的本氏烟草叶片进行蛋白分析，总共鉴定到4401个蛋白。与0h鉴定到的蛋白表达量相比，有1771个在8h、12h、24h、48h4个时间点中至少一个时间点受CF诱导差异表达。结果总共鉴定到984个上调表达蛋白和799个下调表达蛋白，而其中有12个蛋白非单纯上调或下调。　　4.对筛选到的1771个差异蛋白进行GO注释，发现这些差异蛋白主要定位在质体，其次是在蛋白复合体、胞质溶胶、细胞质和线粒体等细胞组份，其主要通过离子结合和氧化还原等活性，参与胞内生物合成代谢、小分子合成代谢、胞内氮化合物代谢和胁迫响应等生物学过程，还有部分蛋白参与细胞免疫和细胞凋亡等抗病相关的生物学过程。　　5.通过KEGG分析发现部分差异蛋白参与植-病互作、Ca+信号转导和MAPK信号、氧化磷酸化、蛋白运输、苯丙氨酸代谢等途径。其中鉴定到一些已知参与PTI抗性的重要蛋白如BSK1、SGT1、HSP90和NtCDPK2等，相关信号通路中新发现的蛋白很可能也在植物PTI抗性中扮演重要角色。