我国正面临着经济发展方式转型的压力。高技术产业在这一转型中发挥着重要的作用。对科技资源进行优化配置是保障高技术产业健康发展的重要手段。东部三大都市圈是我国经济最为活跃的地区也是高技术产业重镇，因此该地区高技术产业科技资源优化配置问题尤为突出。且由于三大都市圈特点有所不同，所以在解决该问题时必须在把握共性的基础上因地制宜、区别对待才能取得良好的效果。目前针对该问题的直接研究成果较少，所以本文选择对这一问题进行比较研究。　　 论文在总结现有的研究成果的基础上，以内生经济增长理论、创新系统理论以及资源配置理论为基础，探讨了高技术产业科技资源体系的内涵；总结了三大都市圈高技术产业科技资源配置的演变情况，运用DEA和面板数据模型测算和分析了配置效率及其变动情况的异同点，发现三大都市圈存在着明显的差异：“珠三角”处于效率的前沿，而“长三角”和“环渤海湾”则分别面临着资源过剩和资源分布不均衡带来的低效率。从时间上看，三大地区的配置效率在考察期内都有所增长，其中技术进步是总体效率增长的主要因素。技术市场以及政府投入对技术进步起到了积极作用，而企业投入的作用则不显著，制度因素可能是效率领先地区进一步提高效率的主要障碍。对于“环渤海湾”来说，追加投入并加强区域整合可能是今后的工作重心之一。最后结合研究结论，本文提供了一些政策建议作为参考。