高等教育投入产出评价是一个比较复杂的评价体系，如何真实地反映出各种指标在评价体系中发挥的作用，成为解决问题的关键。针对于此，本文从微观和宏观两个方面对高等教育进行分析和评价，以地区为评价单元进行研究，既能在全国范围内得出高等教育的共性问题，又能够横向比较出各地区高等教育发展的不足，可以有针对性地对各地区高等教育发展提出合理化建议。希望能更加全面地获得我国高等教育发展过程中存在的不足，并为资源配置无效的地区提供参考性建议。论文分为三个部分：第一部分论文研究的理论基础。其中包括高等教育相关概念的界定和评价方法的理论支撑。首先介绍了我国高等教育评价发展的历史，随后阐释了区域、高等教育、高等教育投入和产出等相关概念。最后，将本文涉及到的论证方法一一进行理论的叙述。这部分内容为下文深入剖析高等教育投入产出效率以及高等教育与区域协调发展奠定了的理论基础。第二部分从微观角度出发，单独对我国31个省、市、自治区的高等教育进行实证分析，采用数据包络分析方法(DEA)的非阿基米德无穷小模型，结合我国高等教育发展的特点，建立了区域高等教育投入产出指标体系，并利用复合DEA的方法进行合理的修正，以期修正后的结果能够全面地反映出地区资源配置的效果。通过最终得到的结果，系统地分析各地区高等教育发展过程中存在的不足，并为资源配置无效的地区提供参考性建议。第三部分从宏观角度出发，使高等教育结合地区的社会经济发展现状，充分发挥地区优势，合理调整，优化结构，加快发展，以真正实现高等教育与区域的和谐发展。研究过程中，采用了主成分分析和聚类分析相结合的方式，先利用主成分分析对所选取的指标进行压缩，在保留原始指标绝大部分信息的基础上将其压缩成少数几个综合指标，然后采用聚类分析法的同类离差平方和最小的原理对评价单元进行划分。通过最终得到的结果，系统地分析各地区高等教育与区域协调发展过程中存在的问题，并提供了参考性建议。第四部分结合微观与宏观两个方面对我国区域高等教育进行总结性评价，最后指出了本论文在研究中存在的不足和有待进一步研究的问题。