近年来,中国经济面临国内外的挑战不断增多,稳增长、稳就业压力增大。制造业是国民经济的根基,是确保中国经济平稳发展的压舱石。为充分挖掘和释放国民经济增长潜力,就需要把制造业的高质量发展置于核心地位。这除了需要制造业企业自身增加内生发展动能外,也离不开国家政策和资金的重点支持。作为政府调控经济的主要政策工具,政府补贴和税收优惠对于制造业企业的创新发展具有重要影响。然而,学术界对于政府补贴和税收优惠的政策效果存在“抑制论”和“促进论”两种不同见解。鉴此,本文从理论和实证角度探究了两种政策工具对制造业企业全要素生产率的影响。本文以市场失灵相关理论和委托代理理论为依据,探讨了政府实施财税政策的由来,并分析了政府补贴和税收优惠影响制造业企业TFP的机制。在此基础上,本文利用制造业上市公司数据,对涉及医药制造业的20个细分行业的企业全要素生产率进行了测算。然后,采用固定效应模型以及一系列稳健性检验方法实证检验了两种政策工具对企业全要素生产率的影响及其作用机制。结论如下:（1）政府补贴显著抑制企业全要素生产率的提升,而税收优惠能够促进企业全要素生产率的提升。两种政策工具存在不同的政策效果,而且均因地区、产权、行业的不同而有所差别;（2）在作用机制方面,两种政策工具具有不同的传导路径。政府补贴增加企业代理成本,诱导企业寻租套利,进而阻碍了企业全要素生产率的提高。而税收优惠则能激发企业自身的内生增长动能,促使企业把补助资金转化为提高自身竞争能力的研发资金,同时强化了企业的人才观念,进而驱动企业创新发展;（3）政府补贴并不是自始无效的,在适度的范围内,政府补贴表现为促进作用,过度的政府补贴则阻碍制造业企业全要素生产率的提升。而税收优惠并不存在门槛效应,其对企业全要素生产率的促进作用保持稳健。基于以上研究结论,本文认为政府应采取优化补贴政策、加大税收优惠力度、深入推进市场公平以及推动企业规范经营等措施,从而赋能企业创新发展,助力制造业转型升级。