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本论文第一部分论述了通过双向电泳技术和相关文献报道选择结核分枝杆菌的13个具有潜在诊断意义的抗原(CFP10、ESAT6、38 KDa、MPT64、U1、TB15.3、TB8、16KDa、Ag85A、MTB48、19KDa、Rv2005c和Rv3914)的克隆、表达、纯化与评价。共获得了13个重组蛋白(CE、CE38、CE64、CEU1、CE15.3、CE8、CE16、CEAg85A、CE48、CE19、CE2005c、CE3914和CE38U1)，并构建了Array-ELISA蛋白芯片体系作为筛选与评价平台，以之与临床确诊的100份结核病患者阳性血清和200份健康人血清检测，13个重组蛋白检测灵敏度分别为12.0％，32.0％，24.0％，15.0％，15.0％，30.0％，37.0％，15.0％，17.0％，17.0％，33.0％，30.0％和48.0％;特异性分别为98.5％,98.5％，98.0％,98.5％,97.0％,95.5％,99.5％,96.5％,97.5％,99.5％，73.0％，77.0％和98.5％。排除两个特异性较差(Spe.＜80％)的重组蛋白后获得了11个可用于进一步开发灵敏度和特异性较高的血清学检测试剂的潜在抗原，提供了依据和基础。
本论文的第二部分同时研究了新型检测技术的建立以及在临床疾病检测领域中的应用。针对结核分枝杆菌和自身免疫性疾病建立了敏感特异、高通量的Array-ELISA蛋白芯片检测方法。综合检测灵敏度、特异性和检测互补率确定6个抗原(CE、CE8、CE16、CE48、CE64和CE38U1)建立结核分枝杆菌抗体Array-E LISA蛋白芯片技术检测结核病患者血清372份和健康人血清527份，检测灵敏度为71.0％，检测特异性为97％。在保证了特异性的基础上与ELISA、胶体金等传统的血清学诊断相比阳性检出率(约40-50％)明显提高。同时本技术在自身免疫性疾病ENA抗体谱的检测中，用ENA中的6个抗原(Sm、nRNP/Sm、SS-A、SS-B、Scl-70和Jo-1抗原)建立ENA抗体谱Array-ELISA蛋白芯片技术平台，检测临床确诊的患者血清740份和健康A血清300份，除抗nRNP/Sm抗体的检测灵敏度为99.3％外其它5种抗体抗Sm、SS-A、SS-B、Scl-70和Jo-1抗体的检测灵敏度均为100％；除抗nRNP/Sm、SS-A、SS-B、Scl-70抗体的特异性分别为99.7％、99.3％、99.7％、99.7％外，其它2种抗体的特异性均为100％，与临床检测方法具有很高的符合率。研究结果表明，采用Array-ELISA蛋白芯片技术平台，能够在保持较好的灵敏度和特异性的基础上又具有高通量、低成本、自动化的优势，可用于临床检测。