长期以来,科研绩效的管理和评估一直是绩效管理中的难点问题,且研究深度远低于企业绩效以及政府绩效。随着国家中长期科技发展规划的提出和科研事业单位改革的深入,科研机构的绩效考核指标体系的建立和完善成为科研机构改革能否顺利、科技创新战略能否实现的关键因素,而公益性科研机构作为国家创新体系的重要组成部分,其绩效考核指标体系的重要性更是不言而喻。面对层出不穷的新问题新理论,如何将国外的先进管理工具与我国的具体国情相结合,如何将对传统的继承和现代的创新进行融合,是公益性科研机构成功施行绩效考核的关键问题,也是难点问题。为此,本文尝试将平衡计分卡这一先进的管理工具用于公益性科研机构的绩效评价,为建立和完善科学的公益性科研机构绩效评价体系提供了一种探索和可能。　　本文在介绍目前公益性科研机构绩效管理以及平衡计分卡基本理论的基础上,结合公益性科研机构的特殊性,探讨了建立基于平衡计分卡的绩效考核指标体系的相关问题,并通过实证研究,选取IMR研究所为样本,在明确组织战略的基础上,选取有代表性的研究对象,分别建立了不同层面的组织与个人战略地图与平衡计分卡,并举例对个人考核量表、指标卡及工作方案进行了说明。初步建立起样本研究所平衡计分卡考核指标体系,并总结了建立公益性科研机构平衡计分卡需注重自身使命、价值观、战略的确定,注重组织战略,并需建立在从上至下对平衡计分卡及组织战略充分了解的基础上,保证清晰明确职责分明的组织结构等经验。并指明公益性科研机构绩效考核的难点不在于如何考核,而在于确定考核什么,建议从国家宏观层面入手完善科研管理体制、机制,以解决科研机构管理难题。　　本文通过基于平衡计分卡对IMR研究所绩效考核指标体系的设计,对公益性科研机构绩效管理研究进行了一定程度地探索,总结了相关经验,对该类机构的绩效考核指标体系设计起到了一定的示范的作用。