2014年到2016年,新疆开展的棉花目标价格改革试点工作卓有成效,包括生产、加工、流通、纺织等环节在内的棉花全产业链得到长足发展,同时也为新疆农业供给侧结构改革提供了借鉴意义。产业化经营是新疆棉花产业发展的必然选择,各市场主体形成长期稳定的“利益共享、风险共担”利益联结机制,成为新疆棉花产业化预期目标实现的根本保障,然而现实情况中,轧花企业与棉农的利益联结关系不紧密、合约不规范、合作不持续等问题仍然存在,由市场波动引发的机会主义行为也时有发生,破坏了双方利益联结关系的建立、发展和稳定,一定程度上影响棉花产业化经营的顺利实现。本论文从现阶段新疆棉花加工企业与棉农利益联结关系实际出发,联系交易费用、不完全契约与平均利润等学科理论,分析加工企业收购、加工、销售、盈利等经营管理现状,以及棉农种植、管理、销售现状,对实地调研所取得的数据从棉农个人禀赋、家庭特征、政策效果、社会化服务等方面进行描述性统计分析,利用logistics逻辑回归分析模型做基于农户角度对建立利益联结关系的影响因素实证分析,发现目标价格补贴评价与农业社会化服务对棉农与企业建立联结关系影响显著,得到目前加工企业与棉农主要以松散型联结关系为主,往后需要大力发展紧密型联结关系的结论,从加工企业、棉农、政府三个角度提出了培育行业龙头企业、扶持棉农合作组织、健全社会信用体系等促进新疆棉花加工企业与棉农利益联结发展的可行性建议。