在科学事业单位开展审计监督有利于促使单位的领导与职工转变传统的思想观念，推动单位内部控制系统的建设，让科学事业单位自发的进行内部控制，改变过去被动接受审计监督的现象。　　中国科学院和中国社会科学院作为自然科学和社会科学的顶尖学术机构，其科研经费使用在学术机构领域具有比较典型的代表性。近年来，审计公布的结果报告不断披露两院发生的问题集中表现在以下五个方面:(1)预算资金未细化和批复到所属单位。(2)部分所属单位在专项经费中扩大开支范围。(3)挪用经费。(4)虚列支出。(5)违规政府采购等。　　对科学事业单位科研经费存在的问题分析其原因，而产生问题的一个非常重要的因素在于缺乏监督尤其是对科研经费的审计监督，当前审计监督的问题在于针对科学事业单位审计公告的法律法规不健全;现行内审制度滞后于形势发展;不少内部人员法制观念淡薄，审计结果运用不当等。对此，提出主要建议如下:建立健全科学事业单位审计监督法律法规;科学的审计理论指导;优化科学事业单位审计监督主体队伍;建立健全审计激励和约束机制等基础性对策。提高预算科学性和严肃性;强化责任追究;加强横向合作项目经费的管理;建立、健全科研项目经费的监管体系;强化财务人员和科研人员相互学习与沟通;增强科研工作者的财务责任意识等。