怒江西藏段地处青藏高原东南部,生境复杂,地理特征独特,多样的生态环境和丰富的水域孕育了独特的水生生物资源。裂腹鱼亚科鱼类是青藏高原主要鱼类,也是怒江西藏段鱼类的重要组成,且许多种是我国所特有。近年来,在环境污染、水利工程建设、外来物种入侵等人类活动加剧的背景下,怒江鱼类资源受到显著影响。热裸裂尻鱼、裸腹叶须鱼和怒江裂腹鱼这三种裂腹鱼是怒江西藏段重要鱼类,对其开展遗传学研究有助于了解遗传多样性和遗传结构现状,可为怒江鱼类资源保护提供技术支撑。通过2017～2020年在怒江西藏段采集的三种裂腹鱼样本,采用线粒体控制区（CR）、线粒体细胞色素C氧化酶I基因（COI）和核重组酶激活基因1/2（RAG1/2）对三种裂腹鱼进行群体遗传学研究,主要研究结果如下:1.热裸裂尻鱼的群体遗传学研究从怒江西藏段左贡、八宿、马利、边坝、仲耐、亚东、那曲、罗玛共8个点共采集到207尾热裸裂尻鱼,利用CR和RAG1序列对其进行群体遗传学研究。结果显示:在207条CR序列（710 bp）中共定义92个单倍型,单倍型多样性（h）为0.968,核苷酸多样性（π）为0.01021。在177条RAG1序列（1441 bp）中共定义71个单倍型,h=0.959、π=0.00341。两种标记均呈现出高水平的遗传多样性。各群体间比较发现,八宿群体遗传多样性相对较低,其他群体间遗传多样性差别不大。系统发育分析显示,来自支流的左贡群体与干流群体有显著的遗传分化,估计分化时间约为0.71百万年前（Mya）,发生在更新世,与昆仑-黄河运动（1.1～0.6 Mya）密切相关。干流群体的遗传分化指数FST与海拔高度显著相关。Bayesian Skyline Plots（BSP）分析表明,热裸裂尻鱼经历过群体扩张,基于CR序列和RAG1序列的扩张时间分别为0.037 Mya和0.028 Mya,处于末次冰期中的间冰期。2.裸腹叶须鱼的遗传多样性及遗传结构从怒江西藏段（同热裸裂尻鱼采样点）和澜沧江的察雅共9个点采集到210尾裸腹叶须鱼,利用CR和COI基因序列对其进行群体遗传学研究。结果显示:在CR（695 bp）和COI基因序列（605 bp）联合的CR+COI（1300 bp）中,共定义33个单倍型,h=0.846,π=0.00077,与其他裂腹鱼类相比,裸腹叶须鱼遗传多样性较低。分子方差分析（AMOVA）结果显示总群体出现较大遗传分化。群体间FST、系统进化树以及单倍型网络图显示出左贡、察雅群体与怒江干流7个群体出现较大的遗传分化,并形成三个分支。将各分支分别进行中性检验和BSP分析,结果显示,左贡群体数量呈下降趋势,察雅群体数量一直较稳定,怒江干流群体近期发生过群体扩张,扩张时间在0.0025 Mya,处于末次冰期结束。3.怒江裂腹鱼的遗传多样性及遗传结构从怒江西藏段察瓦龙、八宿、马利、边坝、比如共5个点共采集到115尾怒江裂腹鱼,利用CR、COI基因和RAG2序列对其进行群体遗传学研究。结果显示:在115条CR（746 bp）和COI基因（571 bp）序列联合的CR+COI（1317 bp）中,共定义34个单倍型,h=0.794,π=0.00236。在101条RAG2序列（1206 bp）中共定义6个单倍型,h=0.653,π=0.00071。与其他裂腹鱼类相比,怒江裂腹鱼遗传多样性较低。AMOVA显示总体出一定程度的遗传分化,系统进化树和单倍型网络图谱形成2个具有较高支持率的分支,但未表现出明显的地理结构特征。群体间遗传分化指数FST与地理距离以及海拔显著相关。中性检验和BSP分析表明,怒江裂腹鱼发生过近期群体扩张,扩张时间在0.01 Mya,正处于末次冰期结束。热裸裂尻鱼在三种裂腹鱼中遗传多样性最高,裸腹叶须鱼与怒江裂腹鱼遗传多样性相对较低。热裸裂尻鱼和裸腹叶须鱼遗传结构分析均显示,位于怒江最长支流中的左贡群体与其他群体之间有显著的遗传分化,建议将左贡群体作为一个进化显著单元,对该群体及其栖息环境加以重点保护。