梨形虫（Piroplasma），包括巴贝斯虫(Babesia)和泰勒虫(Theileria)，可寄生于宿主红细胞、淋巴细胞或巨噬细胞内，并引起宿主发热、贫血、黄疸等临床症状的一类原虫。其传播媒介为硬蜱(Hard tick)，专性吸血的外寄生虫，可寄生于包括爬行动物、哺乳动物和鸟类在内的许多动物（除了鱼类），是全球公认的、继蚊子之后的第二大疾病传播媒介。但是，目前梨形虫和硬蜱的分类存在许多学术争议。本研究采用基因测序及系统进化分析方法，对本实验室分离、采集的梨形虫和硬蜱种类进行测序，并参考GenBank中的一些数据，对梨形虫和硬蜱的部分种的分子分类，系统发育以及两者之间的协同进化关系进行了系统研究。主要研究结果如下：一、使用大亚基核糖体RNA（28S rRNA）序列，以及联合序列（28S+18S）对分离自中国的11株巴贝斯虫进行系统进化分析。结果表明：巴贝斯虫28S rRNA序列长度在2,878bp-3,017bp之间，28S+18S片段的长度为4,531bp-4,732bp，28S比18S含有较多的序列信息，能够较好的阐明莫氏巴贝斯虫（Babesia motasi），大巴贝斯虫（Babesia major）和牛巴贝斯虫（Babesia bovis）的系统发生关系，可以作为另一个候选基因用于巴贝斯虫的系统进化关系，而且联合序列为以后的分析提供一种新的研究方法。二、对国内牛和绵羊的13株泰勒虫的大亚基核糖体RNA序列（28SrRNA）进行扩增、测序。结果显示：泰勒虫28S rRNA序列长度在3,031bp-3,061bp之间，可作为泰勒虫分子分类及系统进化分析的一种新的分子标记基因；28S rRNA基因的D2–D3区的短片段（约为497bp），区分各种泰勒虫的能力与其全长相当，是一段很有潜力的条形码候选基因。三、本研究对包括18S rRNA、28S rRNA、ITS、COI的全长，以及它们的部分序列（18SD、28SD、ITS1、ITS2）在内的8段DNA区域的484条序列，按照国际条形码联盟推荐的方法进行了DNA条形码可行性分析。结果发现：ITS2具有100%的扩增效率，理想的序列长度，种间差异与种内差异之间的gap明显，在属一级水平上的正确鉴定率为98%，在种一级水平上的正确鉴定率为92%。在目前数据基础上，ITS2是梨形虫进行分类鉴定的最适条形码基因。四、收集了来自7属60种硬蜱的165个样品。按照DNA条形码的分析方法，基于样品COI基因的5’端586bp的序列，计算其种内、种间差异，并用NJ法构建系统发生树评价其聚类效果。结果表明：49个样品在种间差异和种内差异之间具有重叠区，85%的样品能够很好进行聚类。进一步分析表明，使用单一基因，存在隐藏种，Genbank中的部分序列信息有误可能是造成以上错误结果的原因。五、采用系统进化分析以及计算分子钟的方法，探讨了基于COI基因的硬蜱-梨形虫之间的协同进化关系。结果显示：梨形虫的分化时间约为56Mya，晚于其媒介硬蜱的分化时间（约为86Mya），这说明梨形虫的生物多样性并非由其宿主的分化所致；对梨形虫和硬蜱的进化谱系以及两者之间寄生关系进行的分析表明，梨形虫早期的多样性形成过程并非由硬蜱伴随而发生，宿主转移事件导致了主要梨形虫谱系的快速分化，梨形虫的宿主范围在属以上阶元有较高的特异性。此外，结果还显示，共物种作为因素之一，在二者长期的协同进化过程起着重要作用。