论文部分内容阅读
目的:比较晚期胃癌(gastric carcinoma,GC)患者外周血循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)与组织学检测基因的一致性评价。讨论外周血循环肿瘤DNA在晚期胃癌患者中的临床应用价值。方法:收集延安大学附属医院2017年3月~2018年12月期间30例晚期初诊初治胃癌患者的实体组织标本及血浆标本,用二代测序(next generationgsequencing,NGS)技术同时检测30例晚期胃癌患者的组织学基因状态与外周血ctDNA的基因状况,以组织学基因状态为金标准,以及以组织学基因状态和ctDNA为病人实际情况,比较患者液体活检(血检)中ctDNA的基因突变状况,并分析外周血ctDNA的可比性、敏感性、特异性、一致性。比较、分析ctDNA中EGFR、HER2、TP53、PIK3CA、KRAS、SMAD4等单基因的可比性、敏感性、特异性、一致性,讨论其意义。并研究相关基因的突变丰度的差异及其意义。结果:1、所有患者中均能检测到突变基因,并且在组织学标本中所检测出的突变基因更多,且至少有一种是在ctDNA中被检测出来,两种标本中检测出基因完全一致的共6例,所有突变基因中,主要为TP53,在两种检测方法中一致突变基因的突变丰度表现为组织学标本高于血浆标本。在突变基因不一致的患者中,组织学标本中检测出基因数目比ctDNA更多的有15例,而ctDNA中检测出突变基因多于组织学标本的有9例,30例患者中检出的基因突变总共138个,组织学标本中检出71个,ctDNA中检出67个。2、其中以组织学标本所检测出的基因为金标准,以组织学标本和ctDNA中所有检出的基因为真实结果;单个病人中,在组织中所检出的基因与所有检出基因完全一致则组织阳性,在ctDNA中所检出的基因与所有检出基因完全一致则为ctDNA阳性,组织学阳性19例,ctDNA阳性10例。其中观察结果有差异,经计算?~2为4.76,P<0.05,可以认为两者的阳性检出率不同;其中检测结果有无联系,样本量n<40,用Fisher精确检验值P=1,所以P>0.05,尚不可以认为二者有关联;其中ctDNA的灵敏度为31.5%,特异度为63.6%,一致率为43.3%,误诊率为36.4%,漏诊率为68.5%,诊断指数为0.95,Youden指数为-0.5,阳性似然比为0.865,阴性似然比为1.07,阳性预测值为60%,阴性预测值为35%。3、单基因检测分析中出现最多的突变是TP53,30例中有29例阳性,组织学样本28例阳性,ctDNA中26例阳性,25例两种皆阳性。其次是PIK3CA,30例中有16例阳性,组织学样本8例阳性,ctDNA中15例阳性,7例两种皆阳性,ctDNA检测灵敏度为87.5%,特异度为63.6%,一致率为70%,误诊率为36.4%,漏诊率为12.5%,诊断指数为1.511,Youden指数为0.511,阳性似然比为2.4,阴性似然比为0.196,阳性预测值为46.7%,阴性预测值为93.3%;其中检测结果有无联系,样本量n<40,用Fisher精确检验值P=0.035,所以P<0.05,可以认为二者有关联,计算关联系数φ为0.452,Cramer的V为0.452,Pearson的R为0.452,Spearman相关性为0.452,二者有一定相关性。第三是HER2,30例中有8例阳性,其中组织学样本中5例阳性,ctDNA中4例阳性,1例两种皆阳性。同样是KRAS,30例中有8例阳性,其中组织学样本中4例阳性,ctDNA中6例阳性,2例两种皆阳性。同样是SMAD4,30例中有8例阳性,其中组织学样本中6例阳性,ctDNA中3例阳性,1例两种皆阳性。第四是EGFR,30例中有5例阳性,其中组织学样本中4例阳性,ctDNA中4例阳性,3例两种皆阳性。在5例EGFR基因突变者中,4例同时有PIK3CA突变。有PIK3CA突变的患者中,共存的其他致癌基因突变位点包括KRAS 2例、BRAF 2例、EGFR 4例。HER2中也伴有PIK3CA突变,其中实体组织中4例,ctDNA中4例,3例HER2中也伴有KRAS突变。4、突变丰度方面,单基因检测中(1)TP53在组织学中的检出丰度大多数高于ctDNA中检出丰度,TP53在ctDNA中的检出丰度高于组织学中检出的,仅有4例。(2)PIK3CA仅在组织学中检出的,其丰度皆高于仅在ctDNA中检出的患者,也皆大于1;PIK3CA仅在ctDNA中的检出丰度皆低于1,而在组织学中及ctDNA中皆有检测出的患者有4例检出丰度大于1,3例丰度小于1。(3)KRAS组织学中检出突变丰度皆大于ctDNA中突变丰度,KRAS组织学中检出突变丰度也皆大于1。(4)HER2在组织学中的检出丰度大多数高于ctDNA中检出丰度,在组织学中检出丰度皆大于1,在ctDNA中检出丰度皆小于1。(5)EGFR在组织学中的检出丰度大多数高于ctDNA中检出丰度,在组织学和ctDNA中检出丰度皆大于1。结论:1、ctDNA检测在晚期胃癌,敏感性、一致性欠佳,价值目前不如实体组织活检,但仍有较高的特异性,可以做为不能获取组织标本的晚期胃癌患者的一个备选方案。2、单个基因检测时,PIK3CA在ctDNA中检出率优于组织学标本,在进行PIK3CA检测时,优先考虑用ctDNA检测;进行HER2检测时,加入ctDNA检测可以发现更多HER2突变患者;进行EGFR检测时,加入ctDNA检测可以发现更多HER2突变患者。3、通过ctDNA发现胃癌患者存在多种基因突变,这些基因情况可能提供了更多特定的分子靶向治疗可能性。4、实体组织检出的相同基因的突变丰度大多数高于ctDNA。