元气论和自组织理论将世界看作是一个生成的整体,强调事物之间相互联系和相互作用,以及万物发展过程中的自组织、自生成属性。文章分为气之运生、气之冲和、气之演化,用以解释元气论在生成、发展、消亡、循环之中所蕴含的自组织思想。元气生成实际上是一个“一生二,二生三,三生万物”的过程,元气是元气论生成的源头。“一”即元气论的生成主体元气,是一个具有自发生成能力的混沌统一体,自发生成的力量来源于元气中蕴含的阴阳先天存在的对立统一的属性,混沌统一体指的是未分化但具有有序萌芽的阴阳二气的生成统一实体。当生成主体元气一分为二成氤氲的阴阳二气时,生成便开始了,阴阳这对对立统一的范畴从统一体中显露出来,此时有了分化和差异。元气论的“一生二”气之运生的过程蕴含了自组织的对称性破缺思想,分层思想,自发组织等思想。分化出的阴阳二气飘散于宇宙之间进入万物生成的环节,阴气阳气上浮下降,受到相反属性的吸引而进行交感合和,从无形的氤氳之气转化为有形的生成物,先是生成天地,然后是日月星辰山川河流,最后万物生成,这便是“二生三”气之冲和的过程。“三”便是阴阳二气冲和的产物,“冲”是对立统一属性下的阴阳之间的相互作用,这也是元气论的生成机制,这种生成机制与自组织子系统之间相互作用的生成机制是相似的,两种以上相互作用对立统一的力促成了万物由粗至精、由简至繁的生成过程。气之冲和的过程蕴含了自组织的耗散理论、协同理论等思想。在“一生二、二生三”的阴阳分化冲和的作用下万物生成、生长、消亡、循环整个过程就是一个“三生万物”的过程,此时的“三”蕴含着一种生生不息的循环混沌思想和复杂生成的整体统一思想。生生不息的思想在于元气论认为生成是循环的永不停息的,气的生成、生长、消亡只能代表一个生成周期,消亡归于混沌之后代表着新的生成,如同自组织所研究的,周期“三”在系统之中出现,指代是系统将会进入混沌与新的生成循环。“三生万物”整体统一思想在于,气之生成的整个过程都是气的自我分化和合和,气生万物用气为中介将整个自然联接为一个自相似的统一整体,气之演化的过程蕴含了自组织的超循环思想、混沌思想和分形的自相似等思想。