用一种新的Motif识别算法识别基因调控元件

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该文对MobyKick算法进行了扩展,使词的范围扩展到包括带有碱基通配符的词.我们为该算法建立了一套基于迭代的数值解法,包括简单迭代、线性化加速迭代和牛顿迭代.还为新的模型重新定义了Q<,w>作为词的质量指标.我们运用该算法对酵母(Saccharmycescerevisiae)出芽中期155全共调控基因的上游进行了分析,这155个共调控基因的挑选是以酵母基因芯片实验所显示的各基因mRNA转录本在出芽过程中的浓度变化为依据.
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