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目的研究IL-10-1082位点、IFN-γ+874位点单核苷酸多态性及表达水平与手足口病(HFMD)合并脑炎易感性的关系。方法收集手足口病患儿急性期(发病24小时内)粪便标本,常规处理粪便标本,通过RT-PCR方法,采用EV通用引物,肠道病毒71型(EV71)特异引物和柯萨奇病毒A组16型(CA16)特异引物检测病毒RNA,对EV71的VP1部分序列进行测序和型别鉴定,同时用NCBI上的BLAST软件,对测序结果进行分析。采用双抗夹心ELISA法测定对照组,EV71感染组和CA16感染组血中IL-10和IFN-γ的表达水平,并进行直线相关分析。通过聚合酶链式反应-序列特异性引物法(PCR-SSP)检测各组IL-10-1082位点G/A和IFN-γ+874位点T/A基因多态性,进行统计学分析。结果①178例手足口病患儿大便标本中检出162例EV,82例EV71,67例CA16,对EV71的VP1部分序列进行测序,证实本次流行的EV71属于C基因型,与2008年安徽流行株相近。②EV71和CA16组IFN-γ均显著高于对照组,IL-10均显著低于对照组。两个感染组中IFN-γ和IL-10均呈明显负相关。③EV71和CA16组分别与对照组比较,IFN-γ+874位点基因型分布差异均有显著性,A等位基因频率均显著高于对照组；手足口病组和脑炎组比较,IFN-γ+874位点基因型分布差异有显著性,脑炎组等位基因A频率较高。④EV71和CA16组分别与对照组比较,IL-10-1082位点基因型分布差异均有显著性,EV71组A等位基因频率显著高于对照组,而CA16组与对照组比较,等位基因的频率分布差异无统计学意义；手足口病组和脑炎组比较,IL-10-1082位点基因型分布差异有显著性,脑炎组等位基因A频率较高。结论①EV71和CA16是2009年青岛地区手足口病的主要病原。其中EV71与2008年安徽流行株同源性最相近。②IFN-γ+874位点A等位基因、IL-10-1082位点A等位基因是手足口病患儿机体存在免疫紊乱的遗传易感因素。③IFN-γ+874位点A等位基因、IL-10-1082位点A等位基因是手足口病并发脑炎的遗传易感因素。