资本市场的流动性问题一直是近年来微观金融市场结构研究热点。本文针对我国全国中小企业股份转让系统的流动性展开了一系列的理论和实证研究，并对其做市转让制度如何提高流动性进行了相应分析。本文首先选取了七项指标作为衡量资本市场流动性的代理指标，并通过检验指标的相关性和流动性溢价解释能力来判断其描述新三板资本市场的优劣程度。研究表明，所有的流动性指标均具有较强的相关性，在描述流动性溢价方面，调整后的Amihud指标，Corwin提出的高低价差指标和零交易率比率较为理想。同时，本文利用新三板市场近100只挂牌股票在2015年至2016年一季度的做市交易情况。通过分别回归七项流动性指标与交易量、做市商数量、挂牌价格等变量，分析新三板交易制度下流动性的影响因素。通过回归，文章发现交易量，做市商个数与内部交易损失与流动性呈现较显著的相关关系。而股票市值，做市商个数二次项和价格则在不同的回归中呈现不同的结果，其影响能力有待进一步考察。文章同时还针对回归结果为提升新三板市场流动性提供了相关建议。